R Shiny Plot Output Error “Error:: object 'xx' not found”

Question

这里真是令人沮丧的问题！ 我有一个 plot 可以在我的本地环境中工作，但是当它被包装在renderPlot()中时会引发错误。

dataframe 有很长的代码行，因此，为了简化这个问题，为了本示例的目的，我将数据源截断为一行data = allData 。

我收到错误消息Error: object 'runtime' not found ，这是我正在使用的 dataframe 中的功能之一。 当我添加x = data$runtime和data$filtSpeed时，我得到一个空白 plot...

这是代码

server = function(input, output, session) {
    data = reactive(allData)
    
    output$plot = renderPlotly({
        data = allData
        plot_ly(data, x = ~runtime, y = ~filtSpeed, type = 'scatter', mode = 'line')
    })
}

ui = basicPage(
    h1("Title here"),
    plotOutput('plot')
)

# Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)

关于如何解决这个问题或我哪里出错了有什么想法吗？

更新

我正在使用原始 gps 数据，我根据数据帧中的纬度、经度和采样频率计算了距离和速度。 我在 PC 上有多个会话 as.gpx 文件，我已经循环读取它们，创建速度和距离，存储在列表中并将它们全部合并为 dataframe。

该代码本质上是在执行以下操作：

library(plotKML) #for reading gpx documents

folder <- 'gpx_files/'
files = list.files(path = folder, pattern = "*.gpx")
numfiles = length(files)
datalist = list()

for (file in files){
    data = readGPX(paste0(folder, file))
    data = as.data.frame(data$tracks[[1]])

    ##**a bunch more wrangling**##

    data = data %>% filter(filtSpeed > 8)

    datalist[[file]] = data
}

allData = as.data.frame(do.call(rbind, datalist))

head(allData)

并生产：

隆	纬度	电子	时间	日期	赫兹	运行	距离	过滤速度
153.37	-28.01	0.4	20-12-10 00:18:13	2020-12-10	1	1	0	0
153.37	-28.01	1.2	20-12-10 00:18:14	2020-12-10	1	2	2.9	9.5
153.37	-28.01	1.8	20-12-10 00:18:15	2020-12-10	1	3	8.7	14.7
153.37	-28.01	1.8	20-12-10 00:18:16	2020-12-10	1	4	13.9	17.2
153.37	-28.01	1.8	20-12-10 00:18:17	2020-12-10	1	5	20.5	18.4

………… _ _

隆	纬度	电子	时间	日期	赫兹	运行	距离	过滤速度
153.37	-28.01	0.4	20-12-28 00:18:13	2020-12-28	1	1	0	0
153.37	-28.01	1.2	20-12-28 00:18:14	2020-12-28	1	2	4.8	10.2
153.37	-28.01	1.8	20-12-28 00:18:15	2020-12-28	1	3	8.6	13.7
153.37	-28.01	1.8	20-12-28 00:18:16	2020-12-28	1	4	16.4	16.2
153.37	-28.01	1.8	20-12-28 00:18:17	2020-12-28	1	5	21.5	16.4

Answer 1

如果我用汽车数据替换您的数据，您的代码就可以正常工作。

library(shiny)
library(plotly)

server = function(input, output, session) {
  #data = reactive(allData)
  data <- cars %>% mutate(filtSpeed=speed, runtime=dist)
  output$plot = renderPlotly({
    #data = allData
    plot_ly(data, x = ~runtime, y = ~filtSpeed, type = 'scatter', mode = 'line')
  })
}

ui = basicPage(
  h1("Testing with cars data"),
  plotlyOutput('plot')
)

# Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)