bash 脚本内的奇点 shell

Question

我正在尝试在脚本中运行奇异点 shell 并在奇异点图像中运行多个命令，包括conda 。 下面是我试图做的一个例子。 在下面运行my_script.sh不起作用。 在 shell 命令之后，其他一切似乎都在奇点图像之外运行。

## my_script.sh ##
singularity shell image.sif
source activate test_env
pbsv --version
conda deactivate

我知道我可以将所有命令放在another_script.sh中，然后使用singularity exec image.sif another_script.sh调用该脚本，但我试图避免创建多个小脚本。

是否可以在 bash 脚本中运行奇点 shell ？ 或者是否可以在避免创建脚本的同时在奇点内运行多个命令？

Answer 1

singularity shell用于获取交互式 shell session，不运行脚本。 在您的示例中，后续命令均在 shell 进程完成后运行，而不是在 shell 内运行。

如果删除第一行， singularity exec image.sif my_script.sh将在容器内运行脚本。 conda deactivate也是不必要的，因为环境在容器内。

Answer 2

我发现我可以运行多个命令而无需创建脚本。

不要使用奇异点 shell，而是使用奇异点 exec：

singularity exec bash -c "source activate test_env && pbsv --version"