[英]Avoid too many “declare same elements of Rcpp List” in nested loops
我想问一下如何节省在嵌套循环中访问 List 的计算时间。 这是一个包含两个函数的 Rcpp 示例:
#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
#include <Rcpp.h>
// [[Rcpp::export]]
void first(const Rcpp::List ETA
,const int N
,const int I
) {
for(int i = 0; i < I; ++i) {
arma::rowvec eta = ETA[i];
for(int n = 0; n < N; ++n) {
// use eta to do some calculation
}
}
}
// [[Rcpp::export]]
void second(const Rcpp::List ETA
,const int N
,const int I
) {
for(int n = 0; n < N; ++n) {
for(int i = 0; i < I; ++i) {
arma::rowvec eta = ETA[i];
// use eta to do some calculation
}
}
}
比较 R 中的时间:
Rcpp::sourceCpp("test.cpp") # save the above code as "test.cpp"
ETA = list()
N = 10^8
I = 10
for (i in 1:I) ETA[[i]] = rep(0,i) # just an example.
ptm <- proc.time(); first(ETA,N,I); print((proc.time() - ptm))
# user system elapsed
# 0 0 0
ptm <- proc.time(); second(ETA,N,I); print((proc.time() - ptm))
# user system elapsed
# 16.69 0.00 16.69
这里的ETA
是一个列表,其中每个元素可以具有动态长度(向量)或动态维度(矩阵)。 在这段代码中,第一种方式比第二种方式快得多。 但是对于实际需要,当有其他变量迭代n
时,第二种方式可以减少计算时间。
问题:
对于第一种方式或第二种方式,我们可以在循环之外(之前)声明eta
,以便我们不需要多次声明相同的eta
吗?
您在每个循环期间都在进行隐式转换和深层复制,因此编译器无法优化它也就不足为奇了。
您可以做的是预先计算所有 etas 并将它们存储在向量中。 (我在循环中填写了一些工作,因为可以完全优化空循环)。
// [[Rcpp::export]]
double third(const Rcpp::List ETA
,const int N
,const int I) {
double output=0;
// pre-create eta rowvecs
std::vector<arma::rowvec> eta_vec(Rf_xlength(ETA));
for(int i = 0; i < I; ++i) {
eta_vec[i] = arma::rowvec(Rcpp::NumericVector(ETA[i]));
}
for(int n = 0; n < N; ++n) {
for(int i = 0; i < I; ++i) {
output += sum(eta_vec[i]);
}
}
return output;
}
结果:
> ptm <- proc.time(); first(ETA,N,I); print((proc.time() - ptm))
[1] 0
user system elapsed
2.761 0.000 2.761
> # user system elapsed
> # 0 0 0
> ptm <- proc.time(); second(ETA,N,I); print((proc.time() - ptm))
[1] 0
user system elapsed
29.935 0.000 29.930
>
> ptm <- proc.time(); third(ETA,N,I); print((proc.time() - ptm))
[1] 0
user system elapsed
2.599 0.000 2.598
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