如何在混合效果 model 和 lme4 package 中包含嵌套效果

Question

我正在研究混合模型，对嵌套随机效应有疑问..

在示例中，我们测试了受试者变量 X 和结果 Y，并希望查看 X 是否与 Y 相关。数据是在 3 个不同地点的 8 座不同山上收集的（即山 A 是在地点 1 2 和 3 上收集的，山 B站点 1 2 和 3 等）。 山 A 的站点 1 与山 B 的站点 1 完全没有关系。然后我们要分析控制山和站点的 Y ~ X 关系。

由于该站点和山是嵌套的，我们创建了一个变量“样本”，即

sample <- factor(mountainRange:site)*

现在，这是我的疑问。 课程建议做如下分析

mixed.lmer2 <- lmer(Y~ X + (1|mountain) + (1|sample), data = data)

但我不明白为什么我们包括(1|mountain) 。 我认为我不需要包含它，因为它已经包含在变量(1|sample)中我的意思是我将按如下方式运行分析：

mixed.lmer3 <- lmer(Y~ X + (1|sample), data = data)

谁能解释我为什么错了？ 谢谢

Answer 1

您只需将mountain和site嵌入到同一个术语sample中，这使其嵌套。 或者，你可以做

mixed.lmer2 <- lmer(Y~ X + (1|mountain/site), data = data)

或者

mixed.lmer2 <- lmer(Y~ X + (1|mountain) + (1|mountain:site), data = data)

来代表同一件事。 同样，您只是在 model 公式之外进行了操作。

请参阅https://stats.stackexchange.com/q/228800/238878以获得更彻底的答案。