如何生成具有给定值的所有观察值的列表/表格。 在 R

Question

我有一个大型数据集（asv_ar2），指示给定物种在给定位置被记录的次数。 它如下所示：

物种	位置1	位置2	位置 3	loc4
sp1	0	1	0	4
sp2	7	3	0	2
sp3	3	1	0	0

我想为每个物种获取一个列表/表格，其中包含找到它的位置（该变量的值不为 0）。 就像是：

• sp1 loc2, loc4
• sp2 loc1、loc2、loc4
• sp3 loc1, loc2

或者相反，在某个位置发现的物种。

我可以使用 dplyr 的过滤器 function 的值>0 的 select 行，但只能逐个位置。 a1<-filter(asv_ar2,asv_ar2[,2]>0)[,c(1,2,8)]我尝试制作一个将它们连接在一起的循环，但它只显示第一个位置

for(i in 2:1156){ locs<-filter(asv_ar2,asv_ar2[,i]>0)[c(1,i)]}

我不知道如何加入所有的迭代。 或者，如果有更好的方法来完成这一切。

有什么建议么？

谢谢

Answer 1

我希望这是您的想法：

library(dplyr)
library(tidyr)
library(purrr)

df %>%
  mutate(data = pmap(df %>% select(!Specie), ~ names(c(...)[c(...) != 0]))) %>%
  unnest_wider(data)


# A tibble: 3 x 8
  Specie  loc1  loc2  loc3  loc4 ...1  ...2  ...3 
  <chr>  <int> <int> <int> <int> <chr> <chr> <chr>
1 sp1        0     1     0     4 loc2  loc4  NA   
2 sp2        7     3     0     2 loc1  loc2  loc4 
3 sp3        3     1     0     0 loc1  loc2  NA 

Answer 2

您可以添加一个具有列名的新列，其中该列的值连续大于 0。

asv_ar2$locs <- apply(asv_ar2[-1] > 0, 1, function(x) 
                      toString(names(asv_ar2[-1])[x])) 

asv_ar2

#  Specie loc1 loc2 loc3 loc4             locs
#1    sp1    0    1    0    4       loc2, loc4
#2    sp2    7    3    0    2 loc1, loc2, loc4
#3    sp3    3    1    0    0       loc1, loc2

在dplyr ，您可以使用rowwise ：

library(dplyr)

asv_ar2 %>%
  rowwise() %>%
  mutate(locs  = toString(names(.[-1])[c_across(starts_with('loc')) > 0]))

Answer 3

我们可以在tidyverse中以更加矢量化的方式来做到这一点，即不使用rowwise 。 在这里，我们遍历 'loc' 列，如果值不为 0（默认across返回为NA ），则返回列名（ cur_column ），通过添加后缀或前缀（ case_when ） _new .names以创建新列，然后利用unite将那些 '_new' 列折叠成一个

library(dplyr)
library(tidyr)
df1 %>% 
   mutate(across(starts_with('loc'), ~ case_when(. != 0 ~ cur_column()), 
     .names = '{.col}_new')) %>% 
   unite(locs, ends_with('new'), sep=", ", na.rm = TRUE)
#  Specie loc1 loc2 loc3 loc4             locs
#1    sp1    0    1    0    4       loc2, loc4
#2    sp2    7    3    0    2 loc1, loc2, loc4
#3    sp3    3    1    0    0       loc1, loc2

数据

df1 <- structure(list(Specie = c("sp1", "sp2", "sp3"), loc1 = c(0L, 
7L, 3L), loc2 = c(1L, 3L, 1L), loc3 = c(0L, 0L, 0L), loc4 = c(4L, 
2L, 0L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -3L))

Answer 4

你可以做：

apply(df, 1, function(x) paste(x[1], paste(names(which(x[-1] > 0)), collapse = ", ")))
[1] "sp1 loc2, loc4"       "sp2 loc1, loc2, loc4" "sp3 loc1, loc2"