使用ggtree对系统发育树的提示进行着色

Question

我的编码经验非常有限，所以请多多包涵！

我有一个 newick 树和 a.txt 文件，其中有分配给各种克隆号的各种单元格编号，如下所示：

我已经按照PHE：Bioinformatics页面中的步骤进行操作，我得到的只是所有提示上的一种颜色，似乎没有按克隆数对细胞进行分类。

这是生成的 plot 的图像：

library("ggplot2")
library("ggtree")
nwk <- ("/Users/Nisu/Downloads/True.nwk")
tree <- read.tree(nwk)
p <- ggtree(tree,right = TRUE)
tip_metadata <- read.table("/Users/Nisu/Downloads/TallG5clone_50_9_True_cloneAnno.txt", sep="\t",col.names = c("Clone", "Cell"),header=TRUE,check.names=FALSE, stringsAsFactor=F)
p <- p %<+% tip_metadata + geom_tippoint(aes(color= "Clone"), size=3)
plot(p)

Answer 1

这很可能是因为您在"Clone"中添加了引号。 不应引用数据中的变量。 因此应该是geom_tippoint(aes(color= Clone) 。
这是一个示例：添加不带引号的 aes colour = class ：

library(ggplot2)

ggplot(mpg, aes(displ, hwy, colour = class)) + 
  geom_point()

现在用引号：

ggplot(mpg, aes(displ, hwy, colour = "class")) + 
  geom_point()