从 bash 脚本运行 docker

Question

我正在使用作为 docker 映像分发的工具 (gatk)，并尝试在 shell 脚本中使用其命令。 我在分离模式下运行 docker。

sudo docker run --name my_container -d -v ~/test:/gatk/data -it broadinstitute/gatk:4.1.9.0

然后我从shell脚本运行命令

#!/bin/bash
docker exec my_container gatk command1
wait
docker exec my_container gatk command2

command2 需要来自 command1 的输入，所以我使用等待，但在命令 1 完成之前仍然执行 command2。 我也试过

#!/bin/bash
docker exec my_container gatk command1
docker wait my_container
docker exec my_container gatk command2

但是在 command1 完成后脚本不会继续运行。

Answer 1

您可以一次性运行这两个命令：

docker run image /bin/bash -c "gatk command1 && gatk command2"

Answer 2

我设法解决了它。 问题是，当我运行 docker exec 时，我没有定义它来接收来自 shell 的输入。 将 -i 标志添加到 docker exec 解决了这个问题。 这是完整的解决方案。

我以分离模式启动 docker

sudo docker run --name my_container -d -v ~/test:/gatk/data -it broadinstitute/gatk:4.1.9.0

现在我可以关闭终端，docker 容器已启动并正在运行，我可以在新终端中使用它。 我使用以下代码生成了一个名为 myscript.sh 的 bash 脚本。

#!/bin/bash
docker exec -i my_container gatk command1
wait
docker exec -i my_container gatk command2

我运行脚本，否认它并关闭终端。

./myscript.sh&disown;exit