[英]Recomendation for a type of plot in R
我有一个包含 5 列的数据,代表不同的方法,这些方法包含通过不同方法捕获的染色体数量。 列是FACTOR一种代表该数据被分组的类别,TOTAL的染色体长度,METHOD所捕获该区域,FROM和到显示段捕获的方法。
一般的想法是绘制染色体总长度的范围,以便查看所有染色体的方法之间的重叠。
作为一个例子,我离开这个
数据输入
a <- data.frame(FACTOR = as.factor(c(1,1,1,2,2,3,3,3,3,4)),
TOTAL = as.numeric(c(100,100,100,90,90,80,80,80,80,70)),
METHOD = as.factor(c("A","B","C","A","B","A","B","C","A","C")),
FROM = as.numeric(c(5,10,75,20,25,20,25,30,75,5)),
TO = as.numeric(c(95,80,100,80,85,70,55,75,80,70)))
FACTOR TOTAL METHOD FROM TO
1 1 100 A 5 95
2 1 100 B 10 80
3 1 100 C 75 100
4 2 90 A 20 80
5 2 90 B 25 85
6 3 80 A 20 70
7 3 80 B 25 55
8 3 80 C 30 75
9 3 80 A 75 80
10 4 70 C 5 70
我想完成一个与此类似的图表(我知道它在油漆中,很抱歉) X 轴将用于TOTAL列,Y 轴将是FACTOR 。
这是一种方法。 基本思想是使用带有粗线的geom_linerange
(也可以使用geom_segment
)在 y 轴上绘制您的 FROM 和 TO 以及在 x 轴上绘制您的 FACTOR ,然后使用coord_flip
翻转它。
a$FACTOR <- factor(a$FACTOR, levels=c(4,3,2,1))
library(ggplot2)
ggplot(a) +
geom_linerange(aes(x=FACTOR, ymin=FROM, ymax=TO, colour=METHOD), size=3, position=position_dodge(width=0.5)) +
coord_flip()
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