在 .Rprofile 和 .Renviron 中设置 R 的默认行为。 了解在何处做什么

Question

我试图了解文件 .Renviron 和 .Rprofile 的使用。 如果我理解正确的话， .Rprofile是一种启动脚本，来源于 R 代码，它设置用户可能一直想要的选项和环境变量，或者用于特定项目。 另一方面， .Renviron在 .Rproject 之前加载，并且仅定义环境变量。

根据设计，我知道 R 将加载用户或项目级别的 .Renviron 和 .Rprofile 文件，但它不会同时加载用户和项目级别的文件。 本质上，R 只会加载项目特定的 .Rprofile 和 .Renviron 文件，前提是它们被定义。 也就是说，将一些库和函数放在用户级别 .Rprofile 中是明智的，因为我几乎一直都需要它（例如，我dplyr使用dplyr语法），同时我想加载项目特定的库和函数。

.Renviron 文件的目的对我来说更难以捉摸。 据我了解，它的目的是存储环境变量，比如密码、API密钥等。 但是，我也可以使用Sys.setenv()在 .Rprofile 中设置环境变量。 例如，我在项目的 .Rprofile 中设置了环境变量，以将并行化与以下包一起使用：

Sys.setenv(OMP_NUM_THREADS=parallel::detectCores())
library(OpenMx)

由于 .Renviron 不使用代码，我的假设是我可以使用以下语法将此行放在 .Renviron 文件中：

OMP_NUM_THREADS=[number of cores]

但是，我发现很少有关于如何在 .Renviron 中设置环境变量的有用信息，以及建议放在这里的内容。

因此，我的问题是：

1. 在项目中工作时，如何加载用户和项目级别的 .Renviron 和 .Rproject 文件？
2. 我通常会在 .Renviron 中放入哪些环境变量？ （任何关于如何设置变量的列表或教程将不胜感激。）
3. 在哪些情况下，建议在 .Rprofile 中使用Sys.setenv()向 .Renviron 添加环境变量，反之亦然？

Answer 1

但是，我也可以使用 Sys.setenv() 在 .Rprofile 中设置环境变量。

“是的，但是”这些可以在标准 POSIX 行为下不会改变之前必须设置变量的运行过程。

我就像你试图通过~/.Rprofile （甚至整个机器的Rprofile.site ）尽可能长的时间，但最终在.Renviron添加了一些东西

• R_LIBS_USER改为""因为我不想在下面安装 ~
• R_MAX_NUM_DLLS必须在这里
• 加上一些服务代币
• 加上一个reticulate选项
• 加上R CMD check选项

所以在某些情况下，您实际上必须使用.Renviron （或Renvirob.site ）。