如何在 R 中使用 ggplot 填充具有相同颜色的点和置信椭圆 plot？

Question

我想 plot 来自判别式 Function 分析的图表，其中点必须有黑色边框并填充特定的 colors 和置信椭圆必须填充相同的颜色。 使用下面的代码，我几乎得到了我想要的图形，除了点没有黑色边框：

library(ggplot2)
library(ggord)
library(MASS)

data("iris")

set.seed(123)
linear <- lda(Species~., iris)
linear

dfaplot <- ggord(linear, iris$Species, labcol = "transparent", arrow = NULL, poly = FALSE, ylim = c(-11, 11), xlim = c(-11, 11))
dfaplot +
  scale_shape_manual(values = c(16,15,17)) +
  scale_color_manual(values = c("#00FF00","#FF00FF","#0000FF")) +
  theme(legend.position = "none")

PLOT 1

我可以使用以下代码在点上添加黑色边框，但随后置信椭圆变为黑色。

dfaplot +
  scale_shape_manual(values = c(21,22,24)) +
  scale_color_manual(values = c("black","black","black")) +
  scale_fill_manual(values = c("#00FF00","#FF00FF","#0000FF")) +
  theme(legend.position = "none")

PLOT 2

我想保留第一个图中的椭圆，但保留第二个图中的点。 但是，我无法弄清楚如何做到这一点。 如果有人对如何做到这一点有建议，我将不胜感激。 我正在使用“ggord”package，因为我学会了如何使用它来运行分析，但是如果有人对如何仅使用 ggplot 执行相同的操作有任何建议，那就没问题了。

Answer 1

这大致复制了ggord中发生的事情。 查看 package 的源代码，椭圆在ggord中的实现方式与下面的不同，因此差异很小。 如果这很重要，您可以查看源并进行更改。 默认情况下， geom_point没有填充属性。 所以我们将形状设置为字符类型，然后在geom_point()中指定color = 'black' 。 完整代码（包括投影原始数据）如下。

set.seed(123)
linear <- lda(Species~., iris)
linear

# Get point x, y coordinates
df <- data.frame(predict(linear, iris[, 1:4]))
df$species <- iris$Species

# Get explained variance for each axis
var_exp <- 100 * linear$svd ^ 2 / sum(linear$svd ^ 2)

ggplot(data = df,
       aes(x = x.LD1,
           y = x.LD2)) +
  geom_point(aes(fill = species,
                 shape = species),
             size = 4) +
  stat_ellipse(aes(color = species),
               level = 0.95) +
  ylim(c(-11, 11)) +
  xlim(c(-11, 11)) +
  ylab(paste("LD2 (",
             round(var_exp[2], 2),
             "%)")) +
  xlab(paste("LD1 (",
             round(var_exp[1], 2),
             "%)")) +
  scale_color_manual(values = c("#00FF00","#FF00FF","#0000FF")) +
  scale_fill_manual(values = c("#00FF00","#FF00FF","#0000FF")) +
  scale_shape_manual(values = c(21, 22, 24)) +
  coord_fixed(1) +
  theme_bw() +
  theme(
    legend.position = "none"
  )