如何验证 python 中的 DNA 序列？

Question

这是问题。

编写一个脚本，从用户那里获取 dna 序列的输入并验证输入是否为 dna 序列。 如果输入是 dna 序列：-

1. 计算序列的长度
2. 计算每个核苷酸的百分比
3. 计算 dna 的 GC 百分比
4. 获取 rna 序列

这个 output 必须写入外部文件。

如果输入不是 dna 序列，将显示错误消息并询问用户是否输入正确的 dna 序列或程序将被终止。

除此之外，您还需要在脚本中显示 function 概念。

---

下面是我的脚本，

def main():
seq = input("enter dna sequence: ").casefold()

for letter in seq:
    if letter not in "atgc":
        answer = input("This is not dna.\nEnter 'Y' to enter a dna sequence or 'N' to terminate the program: ")

    if answer == "Y":
        answer = input("Plase enter: ")

    elif answer == "N":
        print("Program is terminated")
        break
    else:
        print("Please enter Y or N")
else:
    if letter in "acgt":
    caps = seq.casefold()
    length = len(seq)
    fo = open("aa.txt", "w+")
    fo.write("Sequence: " + seq)
    fo.write("\nLength of sequence: " + str(length))
    fo.write("\nPercentage of nucleotides:- " + "\n")

    accepted_bases = ('a', 'c', 'g', 't')

    for bases in accepted_bases:
        count = caps.count(bases)
        content = round(((count / length) * 100), 2)
        fo.write(str(bases) + "=" + str(content) + "%" + "\n")

    GC_Count = 0

    for letter in seq:
        if (letter == 'g' or letter == 'c'):
             GC_Count += 1

     GC = round((float(str(GC_Count)) / float(str(length)) * 100), 2)
     fo.write("GC percentage: " + str(GC) + "%" + "\n")

     RNA = seq.replace('t', 'u')
     fo.write("The rna sequence: " + RNA)
     fo.close()

if __name__ == "__main__":
    main()

---

我基本上希望脚本检查用户的输入是否是 DNA 序列。 如果是，它将打印 output 文件。 如果不是，它会告诉用户输入的序列不正确，输入'Y'输入一个dna序列（如果是dna序列，则打印出output文件。）并输入'N'终止。 但是如果用户输入的字母不是'Y'和'N'，它会打印（“请输入Y或N”）。

但我的问题是，python 显示我的输入不是 dna，即使在第二次测试时输入的 dna 是正确的。 我没有调用 python 来停止程序，但是当第二次输入 dna 和输入除 Y 和 N 以外的字母时它会自动停止。

有人知道这里有什么问题吗？ 期待您的回复，谢谢。

Answer 1

我对DNA一无所知，但我认为这可能有效。

# dna = "gcacgctcccagcgatgctctctcagccctcacgggtcatctgaaataatcatattaccccacacaactggcctttgttctgatacatgcatttcgtcttaagcttagtaatcgtcgtattgacgaggaacgaaagttttaagtttttagatcgtattgtaacacgtccatgtgctaaagaacactgtgcgtttcccggatgactcgtgcaccgacattgagtccagctcgaatgacccccgacgctcctggatttcgcgttctcactcgattcccgctgatgaccgacgcgggaaaccattgtctcacgcagaagtccgatcccatatagagcgaaagtctctcagtctcatgactgagcaacattggcggcgaggaccgttggcccttctcgtgtacatcagacgcgcaacttccaatcttgtgcttccaatacatcgaagaaagtctatgatatagcagagaactggcctgtttgtcacttgcgcagaagggggcgtcaaactggaatgtcaacataacgccagtatctctaattttactcgacttcggtaacgcatcatgctacaggatcagttcatcctggagaaagctgtgacaatattcttactagcgcgcggaaggggggggtaactgacaggctgggtatgctgacgggggcgatcccaaatcgaaaactgcccttcccctcgcaacatgagaacaaaaattttgtaagtgaaaagccccctgaaacgtttcgccttgactctcttgagccccggggttttaatacataccccatctgattcgttctagtgctcaccaacactgctacatgatcataggttatatgtggtgcgcccttcgccaatgggcaccaagaaacctactgcgtaaaccaaccttggccgtcggcgaagcttctaagcactgtgtctcgcgaaagagagtaggacgccacctcggcatcaatgtagtacttatgtcggcacccgcatgcgtggtggtcgccctatcg"


def main():
    while True:
        seq = input("Enter DNA sequence: ")

        if 'atgc' in seq:
            caps = seq.casefold()
            length = len(seq)
            fo = open("aa.txt", "w+")
            fo.write("Sequence: " + seq)
            fo.write("\nLength of sequence: " + str(length))
            fo.write("\nPercentage of nucleotides:- " + "\n")

            accepted_bases = ('a', 'c', 'g', 't')

            for bases in accepted_bases:
                count = caps.count(bases)
                content = round(((count / length) * 100), 2)
                fo.write(str(bases) + "=" + str(content) + "%" + "\n")

            GC_Count = 0

            for letter in seq:
                if (letter == 'g' or letter == 'c'):
                    GC_Count += 1

            GC = round((float(str(GC_Count)) / float(str(length)) * 100), 2)
            fo.write("GC percentage: " + str(GC) + "%" + "\n")

            RNA = seq.replace('t', 'u')
            fo.write("The rna sequence: " + RNA)
            fo.close()
            print("[+] File created!")

        else:
            print("[-] This is not a DNA sequence.")
        
        again = input("Try another sequence? Y/N: ").capitalize().strip()
        if again == 'Y':
            continue
        else:
            break

if __name__ == "__main__":
    main()