我可以更改 Homebrew FFTW 安装的位置吗？ R 似乎无法读取位于 Cellar 文件夹中的 FFTW3.h 文件

Question

我正在尝试按照 macosX 安装页面（ 在此处提供）上的说明安装 Daniel Fürth 的 Wholebrain。 我正在运行 MacOS Big Sur 11.5.2、R 4.1.2 和 RStudio 2021.09.1。

不幸的是，该程序安装起来并不简单，需要大量的开发人员工具才能正常工作。 我不是程序员，几乎没有编码经验，所以我已经通过说明进行了两天，试图让安装正常工作，我坚定地坚持最后一步。

在 RS 中，当我运行时， devtools::install_github("tractatus/wholebrain", INSTALL_opts=c("--no-multiarch"))我收到以下错误消息：

/bin/sh: pkg-config: command not found filter.cpp:9:10: fatal error: 'fftw3.h' file not found #include "fftw3.h" ^~~~~~~~~ 1 error generated. make: *** [filter.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package 'wholebrain'

我一直试图弄清楚这意味着什么，我想我已经把它缩小到 R 没有读取 fftw header 文件的位置，它是由 Homebrew 安装的。 （我可能完全错了，再次 - 不是程序员）

据我了解，Homebrew 总是安装在 opt/homebrew/cellar 下。 而且，事实上，在编译后的 fftw 程序中包含所需的“fftw3.h”文件。 但由于某种原因，RStudio 无法找到并读取该位置的文件。

从随机谷歌搜索和阅读其他发布的问题，我认为 RStudio 可能期望该文件位于 usr/local/include 下。 我可以将 header 文件复制并粘贴到该文件夹中吗？ 或者如果我这样做，我会搞砸一些事情吗？ 我完全被 fftw 对手动编译的描述吓到了，所以我真的不想尝试。 有没有办法改变 R 在哪里寻找 header 文件？ 我已经将我的 wd 设置为“/”，所以 R 不应该能够访问我计算机上的任何文件夹吗？

Answer 1

我想在这里为遇到相同问题的任何人发布答案。 它归结为 RStudio 无法识别 Homebrew 安装的程序，因为它没有读取 Homebrew 保存它们的文件位置。 Homebrew 总是在 /opt/homebrew/ 中保存/编译程序...这是我必须做的：

在 RStudio 中，使用以下命令打开 Renviron 文件： usethis::edit_r_environ()

在打开的文件中（对我来说完全是空白的），输入： PATH=/opt/homebrew/bin:${PATH} ，或者您想要附加到 Renviron 路径的任何特定路径。

退出 RStudio 并在出现提示时保存。 重新打开 RStudio 并运行Sys.getenv("PATH")进行检查。 您的新路径（在上面的示例中，“/opt/homebrew/bin”）现在应该附加到 RStudio 在查找程序/文件时将使用的路径列表中。 对我来说，这现在看起来像/opt/homebrew/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/opt/X11/bin:/Library/Apple/usr/bin:/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/postback

最后，我要非常感谢 Mark Setchell，他真的帮助我指明了正确的方向！