R ggplot geom_tile - 如何获得更大范围的 colors？

Question

我目前有一个从 geom_tile 创建的热图，它由计数填充。 但是，最大计数为 300000+，最小值为 1，并且还包括 NA。 我希望 colors 有更大的变化，我该如何实现？

Answer 1

当您有一个倾斜的分布时，您需要转换您的数据以获得足够的对比度。 请记住，如果您的计数中有 40% 为 1，则无论转换如何，它们都将保持相同的颜色。 但是，如果您提到了一些高数字并且您没有转换数据，则 2、4 等的计数将显示为与您的 1 相同的颜色。 对于左偏态或右偏态分布有不同的技术。 可以在这里找到有趣的阅读： http://fmwww.bc.edu/repec/bocode/t/transint.html

常见的转换包括log10 （或其他基数）、 sqrt 、 1 / n等或它们的组合。

这是一个带有 n 的示例，默认情况下会产生或多或少的黑色斑点图，并进行一些转换以创建更多“对比度”

例子

dt <- data.frame(
  x = sample(1:40, 100, replace = T),
  y = sample(1:40, 100, replace = T),
  n = c(rep(c(1:10 %o% 10^(1:7)), 5), sample(1:20, 50, replace = T))
)

ggplot(dt, aes(x, y, fill = n)) + geom_tile()

ggplot(dt, aes(x, y, fill = sqrt(n))) + geom_tile()

ggplot(dt, aes(x, y, fill = log10(n))) + geom_tile()

ggplot(dt, aes(x, y, fill = log(n, 100))) + geom_tile()

ggplot(dt, aes(x, y, fill = sqrt(log(n, 100)))) + geom_tile()

Answer 2

我通常使用 pheatmap function 但你的肯定也可以。 在此示例中，我使用brewer.pal() function 来获取 colors 的调色板，但如果您知道颜色代码，您可以创建自己的调色板。 这个 function 的 output 只是一个字符向量，带有您选择的颜色代码。

require(pheatmap)
require(RColorBrewer)
P <- brewer.pal(9,"Blues")
pheatmap(as.matrix(dataframe), scale = "none", color=brewer.pal(9,"Blues"), 
        treeheight_row = 0,treeheight_col = 0,
        main = "title")

例如，我经常使用的这个调色板是用 19 colors 代替，它提供了更大的多样性！

palette <- c('#E0FFFF',   '#B0E0E6',  '#FFFACD',  '#FFFF00',
  '#FFD700', '#FFA500', '#FF8C00', '#FF7F50', '#DAA520', 
  '#B8860B', '#B8860B',  '#FA8072','#FF6347',  '#FF4500',
  '#DC143C', '#B22222',  '#A52A2A', '#8B0000', '#800000')