列表中的成对比较表 R

Question

我有一个包含 4 个带有术语（字符）的向量的列表。 我正在寻找一个包含术语成对比较的表格。 在每对比较中有多少是相等的？

这是一个例子：

set.seed(20190708)
genes <- paste("gene",1:1000,sep="")
x <- list(
  A = sample(genes,300), 
  B = sample(genes,525), 
  C = sample(genes,440),
  D = sample(genes,350)
)

这就是我要找的东西：

这些是两组中出现的术语数。

Answer 1

如果我们想要一个对称矩阵 output，我们可以使用outer ，并as.dist将结果呈现为下三角。

out <- outer(x, x, FUN = Vectorize(function(u, v) length(intersect(u, v))))
as.dist(out)
#>     A   B   C
#> B 151        
#> C 128 228    
#> D 133 187 150

或者如果它只是没有镜像重复的成对比较

out <- combn(x, 2, FUN = function(x) length(intersect(x[[1]], x[[2]])))
names(out) <- combn(names(x), 2, FUN = paste, collapse = "_")
stack(out)[2:1]
ind values
1 A_B    151
2 A_C    128
3 A_D    133
4 B_C    228
5 B_D    187
6 C_D    150

Answer 2

这是另一个基本 R 选项

> crossprod(table(stack(x)))
   ind
ind   A   B   C   D
  A 300 151 128 133
  B 151 525 228 187
  C 128 228 440 150
  D 133 187 150 350

或者

> as.dist(crossprod(table(stack(x))))
    A   B   C
B 151
C 128 228
D 133 187 150