使用 R 在网络图中根据连接的节点大小缩放边的起点和终点

Question

提前感谢您的帮助！

我的问题是，给定一个集合列表，我如何使用网络图可视化两个集合中任何一个的重叠，如下所示？

请随时生成任何集以供演示。 或者您可以使用以下简单集。

set.seed(123456)
A <- sample(1:100, 60)
B <- sample(1:100, 50)
C <- sample(1:100, 75)

Answer 1

在 ggraph 中，我们必须对节点使用 scale_size()，对边使用 scale_edge_width() 以协调比例。 ggplot 中的点大小已经按其半径缩放：

ggplot2::geom_point() 的大小是指半径、直径、面积还是其他？

因此不需要进行任何转换，除非您希望点的大小与面积的边缘宽度成正比。

用你的样本构建一个 tbl_graph

#edges are determined by length of intersection
edges <- data.frame('from'=c('A','B','C'),'to'=c('B','C','A'),
'weight'=c(length(intersect(A,B)),length(intersect(B,C)),length(intersect(C,A))))

#nodes are weighted by the length of the sample
nodes <- data.frame('name'=c('A','B','C'),size=c(length(A),length(B),length(C)))

tbl_graph <- tbl_graph(nodes=nodes,edges=edges)

现在，如果您直接使用这些大小构建网络，节点之间的距离将自动确定，并且大多数 ggraph 布局将节点之间的距离设置在 0 和 1 之间，从而导致具有超大边和节点的拥挤图。 如果节点之间的距离不重要，我们可以简单地使用比例因子来缩小节点大小和边宽以适合图形。

为了协调宽度和大小，我们将边宽的范围缩放到边宽的最小值和最大值，并将节点大小缩放到节点大小的最小值和最大值，并在节点缩放时乘以 2按直径。 这样，节点大小和边缘宽度将按比例缩放到它们的实际值，而不是由布局决定。 我还在此处包括其他注释方法以显示节点和边缘的大小。 node_point shape=21 是空心圆。 祝你好运！

scale_factor = 0.1
ggraph(tbl_graph) + geom_edge_link(aes(width=weight*scale_factor,label=weight),label_dodge=unit(-4,'mm'),angle_calc='along') + 
scale_edge_width(range=c(min(edges$weight)*scale_factor,max(edges$weight)*scale_factor)) + 
geom_node_point(aes(size=size * scale_factor),shape=21) + scale_size(range=c(min(nodes$size)*scale_factor*2,max(nodes$size)*scale_factor*2)) + 
theme_linedraw() + geom_node_text(aes(label=paste(name,':',size)),nudge_x=-0.1) 

结果图