在只有两片叶子的基础 R 中绘制树状图

Question

我有一些（旧版）代码使用基础 R（4.1.1）从n x n距离矩阵绘制树状图。 这适用于n>=3 ，但不适用于n=2 。

numElements <- 2

data <- matrix(1, nrow = numElements, ncol = numElements)
data[1,2] <- 0
data <- (data + t(data))/2

d3 <- as.dist(data)
clust3 <- hclust(d3)
plot(clust3, hang = -1)

对于n=2我得到这个错误：

图形错误:::plotHclust(n1, merge, height, order(x$order), hang, : 无效的树状图输入

我想要一个有两片叶子的树状图，它会显示这两片叶子之间的高度。

不幸的是， graphics:::plotHclust调用外部 C 代码，所以我不能直接修改它。 而且不幸的是，我试图在虚拟机上的预构建容器上运行它，所以我需要一个基本的 R 解决方案，而不需要额外的包（否则我只会使用ggdendro ）。 我可以捕捉到只有两个样本的情况并运行单独的绘图 function，这很好。

Answer 1

基本树状图 plot function 无法处理克高度的单调增加，如本答案中所述。 因此，您可以使用as.dendrogram将其转换为树状图 object，如下所示：

numElements <- 2

data <- matrix(1, nrow = numElements, ncol = numElements)
data[1,2] <- 0
data <- (data + t(data))/2

d3 <- as.dist(data)
clust3 <- hclust(d3)
plot(as.dendrogram(clust3), hang = -1)

^{使用reprex v2.0.2创建于 2022-08-19}