如何在 R 中加载声音文件和数据以进行生物声学分析 (MonitoR)？

Question

我正在尝试遵循 R 指南中的这种生物声学，以帮助我对一些青蛙啁啾进行分析。 我也在看这个MonitoR 指南，因为他们试图完成同样的事情（使用模板来运行声音文件）。

由于我有超过 30,000 个青蛙声音文件，每个文件大小约为 5 MB，因此我创建了一个“虚拟”文件夹，其中包含 20 个随机青蛙声音文件和 5 个模板文件。 我认为这会让事情变得更快，一旦我的代码完全工作，我会调整文件夹名称。

我在 R Studio 工作，声音文件是 WAV 文件。

我已经使用library(monitoR, warbleR)加载了 MonitoR 和 WarbleR，我认为已经成功加载了它们。

然后我将我的工作目录设置为包含 20 个青蛙文件和 5 个 chirp 模板文件的“虚拟”文件夹。 我知道当我调用list.files()时它们都出现了。

> list.files()
 [1] "frog1.WAV"          "frog10.WAV"         "frog11.WAV"        
 [4] "frog12.WAV"         "frog13.WAV"         "frog14.WAV"        
 [7] "frog15.WAV"         "frog16.WAV"         "frog17.WAV"        
[10] "frog18.WAV"         "frog19.WAV"         "frog2.WAV"         
[13] "frog20.WAV"         "frog3.WAV"          "frog4.WAV"         
[16] "frog5.WAV"          "frog6.WAV"          "frog7.WAV"         
[19] "frog8.WAV"          "frog9.WAV"          "template_test1.WAV"
[22] "template_test2.WAV" "template_test3.WAV" "template_test4.WAV"
[25] "template_test5.WAV"

这是第一个指南的第二步，无论我如何尝试和调整它，我都会不断收到错误消息。

第 1 步有这个：

x<-c("warbleR", "monitoR")

我理解为加载包的那一点，虽然我不知道 x 和 c 在那里做什么......

 if(.y %in% installed,packages()[."Package"]) install,packages(y) require(y. character.only = T) })

我不知道那个位是做什么的......但是包括它或排除它对下一步中的错误消息没有影响。

第 2 步是创建模板以及我遇到的问题：

指南说： #加载声音文件和数据

data(list = c("Phae.long1", "Phae.long2", "Phae.long3", "Phae.long4", "selec.table"))

我不确定代码的selec.table位是做什么的，但同样，包括或排除它对错误消息没有影响。

我尝试的代码是：

data(list = c("template_test1", "template_test2", "template_test3", "template_test4", "template_test5", "selec.table"))

并引发以下错误：

警告消息：1：在 data(list = c("template_test1", "template_test2", "template_test3", : data set 'template_test1' not found 2: In data(list = c("template_test1", "template_test2", " template_test3", : 未找到数据集 'template_test2' 3: 在 data(list = c("template_test1", "template_test2", "template_test3", : 未找到数据集 'template_test3' 4: In data(list = c(" template_test1", "template_test2", "template_test3", : 未找到数据集 'template_test4' 5: In data(list = c("template_test1", "template_test2", "template_test3", : 未找到数据集 'template_test5'

我已经尝试了两个指南中建议的步骤（没有成功）并在网上寻找我哪里出错了，但恐怕我很难过。 在分析这个数据集之前，我在 R 中还有很长的路要走，因此非常感谢任何阅读本文的人提供的帮助。 谢谢。

Answer 1

我认为这就是想法，尽管在我的笔记本电脑上运行它需要很长时间：

library(monitoR)
library(tuneR)

file1 <- "Phae.long1.wav"
file2 <- "Phae.long2.wav"
file3 <- "Phae.long3.wav"
file4 <- "Phae.long4.wav"

viewSpec(file1)

wct1 <- makeCorTemplate(file1, 
                        t.lim=c(0, 1.0),
                        wl = 300,ovlp=90,
                        frq.lim=c(0.1, 11), dens=1, name="file1")
wct2 <- makeCorTemplate(file2, 
                        t.lim=c(0, 1.0),
                        wl = 300,ovlp=90,
                        frq.lim=c(0.1, 11), dens=1, name="file2")
wct3 <- makeCorTemplate(file3, 
                        t.lim=c(0, 1.0),
                        wl = 300,ovlp=90,
                        frq.lim=c(0.1, 11), dens=1, name="file3")
wct4 <- makeCorTemplate(file4, 
                        t.lim=c(0, 1.0),
                        wl = 300,ovlp=90,
                        frq.lim=c(0.1, 11), dens=1, name="file4")

ctemps <- combineCorTemplates(wct1, wct2, wct3, wct4)

audio <- readWave("mybigfile.wav")
audio <- changeSampRate(wchange = audio, sr.new = 22500)

cscores <- corMatch(survey = audio, templates = ctemps, write.wav = T)
cdetects <- findPeaks(cscores)
getDetections(cdetects)
plot(cdetects)