R 上的 ggplot 问题：代码正确，但我不断收到错误消息“必须从色调调色板中请求至少一种颜色”

Question

我发现了一个类似的问题，但没有针对我的情况提供具体答案。 我正在执行 RNA seq，以下代码用于生成细胞数的 ggplot，但我一直收到相同的错误。

这是 plot 的代码：

metadata %>%
ggplot(aes(x=sample, fill= sample))+
geom_bar()+
theme_classic()+
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1))+
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5, face = "bold"))+
ggtitle("Number of cells")

我认为值得注意的是元数据具有示例列，但所有值都是“N/A”。 此列是之前使用以下代码添加的：

metadata$sample <- NA
metadata$sample[which(str_detect(metadata$cellIDs, "^c2_"))] <- "c2"

使用单元格 ID 添加到元数据中

metadata$cellIDs <- rownames(metadata)

如果缺少任何您可能需要解决此问题的其他代码，请告诉我。 重新启动并重新下载 R + 软件包不起作用。

输入的 Output（头（元数据））

structure(list(seq_folder = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L,1L,1L),levels = "SeuratProject", class = "factor"), nUMI = c(5621, 7010, 1360, 1849, 1062, 10906), nGene = c(1901L, 2241L, 630L, 1009L, 633L, 3036L), log10GenesperUMI = c(0.874438700026547, 0.871213604555057, 0.893347946622289, 0.91948245341875,0.925739735597602, 0.862454250595566), mitoratio =c(0.0158334815869062,0.00756062767475036, 0.0301470588235294, 0.018388318009735,0.0715630885122411,0.0151292866312122), percent.mt = c(1.58334815869062, 0.756062767475036,3.01470588235294, 1.8388318009735, 7.15630885122411, 1.51292866312122), cellIDs =c("AAACCTGAGCAGGCTA-1", "AAACCTGAGGTGCTAG-1", "AAACCTGGTAGCGTGA-1", "AAACCTGGTTAAGTAG-1", "AAACCTGTCGCTGATA-1", "AAACGGGAGATGCCAG-1"), sample =c(NA_character_, NA_character_, NA_character_, NA_character_, NA_character_,NA_character_)), row.names = c("AAACCTGAGCAGGCTA-1", "AAACCTGAGGTGCTAG-1", "AAACCTGGTAGCGTGA-1", "AAACCTGGTTAAGTAG-1", "AAACCTGTCGCTGATA-1", "AAACGGGAGATGCCAG-1"), class = "data.frame")

Answer 1

您可以通过“设置”手动填充比例来避免所有缺失数据的错误：

data = data.frame(x = NA_character_)

## same error as in the question
ggplot(data, aes(x = x, fill = x)) + 
  geom_bar()

## no error
ggplot(data, aes(x = x, fill = x)) + 
  geom_bar() + 
  scale_fill_manual()