冲积地块未显示通量

Question

我想创建一个冲积层图，显示两种条件之间的细胞通量。 我正在使用来自元数据 seurat 对象的数据。

我的数据：

 meta= data.frame(cell= rownames(seurat@meta.data), geno= seurat$genotype, cluster= seurat$seurat_cluster, num= 1:length(rownames(seurat@meta.data)))


head(meta)
                                                   cell  geno cluster num
KO_d8_r1_AAACAGCCAACCCTAA-1 KO_d8_r1_AAACAGCCAACCCTAA-1 KO_d8       6   1
KO_d8_r1_AAACAGCCAGGAACAT-1 KO_d8_r1_AAACAGCCAGGAACAT-1 KO_d8       1   2
KO_d8_r1_AAACAGCCATGTTGCA-1 KO_d8_r1_AAACAGCCATGTTGCA-1 KO_d8       1   3
KO_d8_r1_AAACATGCATAGCGGA-1 KO_d8_r1_AAACATGCATAGCGGA-1 KO_d8       1   4
KO_d8_r1_AAACCAACATGGCCTG-1 KO_d8_r1_AAACCAACATGGCCTG-1 KO_d8       3   5
KO_d8_r1_AAACCGAAGGGCTTAT-1 KO_d8_r1_AAACCGAAGGGCTTAT-1 KO_d8       5   6
 
tail(meta)
                                                       cell  geno cluster  num
    WT_d8_r2_TTTGTCCCAATCCCTT-1 WT_d8_r2_TTTGTCCCAATCCCTT-1 WT_d8       4 6598
    WT_d8_r2_TTTGTCTAGGATCACT-1 WT_d8_r2_TTTGTCTAGGATCACT-1 WT_d8       5 6599
    WT_d8_r2_TTTGTGAAGTTAGAGG-1 WT_d8_r2_TTTGTGAAGTTAGAGG-1 WT_d8       1 6600
    WT_d8_r2_TTTGTGGCACAACCTA-1 WT_d8_r2_TTTGTGGCACAACCTA-1 WT_d8       6 6601
    WT_d8_r2_TTTGTGTTCCTTGAGG-1 WT_d8_r2_TTTGTGTTCCTTGAGG-1 WT_d8       0 6602
    WT_d8_r2_TTTGTTGGTAGCCTAA-1 WT_d8_r2_TTTGTTGGTAGCCTAA-1 WT_d8       4 6603

我的代码：

ggplot(meta,
       aes(x = geno, stratum = cluster, alluvium = num, y = cluster,
           fill = num, label = cluster)) +
  scale_x_discrete(expand = c(.1, 0)) +
  geom_flow(width = 1/4) +
  geom_stratum(alpha = .5, width = 1/4) +
  geom_text(stat = "stratum", size = 4) +
  theme(legend.position = "none") +
  ggtitle("flux of cells")

我的输出：

但是如您所见，冲积地块没有显示细胞的通量。 有什么建议么？

Answer 1

介绍

我认为您面临的问题更多是关于如何定义alluvium参数。 该参数应该与左右层之间的信息流有关。 因此，它应该为每一行数据定义冲积层类别。 例如，一个类别可能是“KO_d8”中的集群 0 和“WT_d8”中的集群 1 之间的冲积（流）。 此处似乎num列（用于定义冲积层）并不代表冲积层。

在所表示的数据中，我看不到两个层之间的联系是什么，即属于“KO_d8”基因型和属于“WT_d8”基因型的细胞系（或细胞；））有什么联系。

知道这一点，只能有两种情况：

1. “KO_d8”中的单元格与“WT_d8”中的单元格之间确实存在联系
2. “KO_d8”中的单元格与“WT_d8”中的单元格之间没有链接

案例一：

在这种情况下，您必须找到定义两个类别中单元格之间链接的列。 然后，您可以复制长形冲积层，如 ggalluvial vignette ( 链接) 中所述。

案例二：

在那种情况下，我想您只想可视化集群的内部比例在两个层条件下如何变化。

在这里，冲积层仅将层“KO_d8”中的簇 n° x链接到层“WT_d8”中的同一簇 n° x 。 对于x范围从0到13 。

为此，您需要以正确的格式处理数据。

# Load library for data transformation
library(dplyr)

# Count the number of cells per `geno`
geno.smry <- table(meta$geno)

# Get the number of cells per `cluster` and per `geno`
meta.2.plot <- meta %>% 
  dplyr::group_by(cluster, geno) %>%
  dplyr::summarise(n_cells = n())

# Get the fraction of cells per `cluster` for each `geno`
meta.2.plot$n_cells_tot_per_geno <- as.numeric(geno.smry[meta.2.plot$geno])
meta.2.plot$fraction_cells <- meta.2.plot$n_cells / meta.2.plot$n_cells_per_geno

这样您就可以将冲积层绘制为：

# Plot the alluvial
ggplot(meta.2.plot,
       aes(x = geno, y = fraction_cells,
           stratum = cluster, alluvium = cluster,
           fill = cluster, label = cluster)) +
  scale_x_discrete(expand = c(.1, 0)) +
  geom_flow(width = 1/4) +
  geom_stratum(alpha = .5, width = 1/4) +
  geom_text(stat = "stratum", size = 4) +
  theme(legend.position = "none") +
  ggtitle("flux of cells")