在ggplot中连接嵌套组内的中位数？

Question

我正在尝试 plot 这些不同的组，并用一条线连接每个组内每个系列（A、B、C）的中位数。

    n <- 60
    data <- data.frame(series=rep(LETTERS[1:3], n/3), 
                   sex=rep(c("F","M"),each=30), 
                   setting=rep(c("wild","rural"),n/2),
                   fit=rnorm(n))

    ggplot(data,aes(x=sex, y=fit, fill=series)) +
    geom_boxplot(width=.3,aes( alpha=.5,color=sex),
              lwd=0.8, position = position_dodge(width = 0.6)) + 
    facet_grid(~setting) +
    stat_summary(fun.y=median, geom="point", shape=23, size=2,
               position=position_dodge(width = 0.6)) +
    geom_text(aes(y=-2.5, label=series),  position=position_dodge(width=0.6)) +

    geom_point(shape=20,alpha=0.2,position=position_jitterdodge(dodge.width = 0.6,jitter.width = 0.25))+
    theme_blank()

我一直在玩弄 geom_line 和 stats_summary，但不是很成功，因为分组似乎总是错误的。 这是我尝试使用 stats_summary 的示例，看起来像我真正想要的 4 条线（在每组中将 A 连接到 C），但由于某种原因没有被箱线图覆盖......

    stat_summary(fun.y=median, colour="red", geom="line",aes(x=series, group=interaction(setting,sex)),
             position=position_dodge(width = 0.6))

我在这里也找到了一个非常相似的已回答问题，但我无法让这个解决方案为我工作。 我在运行第二部分时收到一条错误消息（ geom_line()中的错误：计算美学时出现问题。ℹ 错误发生在第 4 层。由FUN()中的错误引起：！object 未找到“系列”）

在这一点上，我也很乐意接受任何类型的解决方法，但我自己想不出。 谢谢！

Answer 1

基本上，这是对您引用的案例答案中的方法的改编，它使用“手动躲避”，这意味着计算x （当然还有y ）。 手动定位中线。 为此，我们首先必须将映射到x上的sex列转换为数字。 其次，我们必须根据series移动位置（当然要考虑到您躲避箱形图和点的width ），即对于 A 组，我们将 position 向左移动，对于组 C 向右移动。

set.seed(123)

library(ggplot2)
library(dplyr)

data_line <- data %>%
  group_by(setting, sex, series) %>%
  summarise(fit = median(fit)) |>
  ungroup() |> 
  # Manual dodging 
  mutate(x_num = as.numeric(factor(sex)) + seq(-1, 1, length.out = 3) * .6 / 3)
#> `summarise()` has grouped output by 'setting', 'sex'. You can override using
#> the `.groups` argument.

ggplot(data, aes(x = sex, y = fit, fill = series)) +
  geom_boxplot(
    width = .3, aes(alpha = .5, color = sex),
    lwd = 0.8, position = position_dodge(width = 0.6)
  ) +
  facet_grid(~setting) +
  stat_summary(
    fun = median, geom = "point", shape = 23, size = 2,
    position = position_dodge(width = 0.6)
  ) +
  geom_line(data = data_line,
    aes(x = x_num, group = sex),
    colour = "red"
  )+
  geom_text(aes(y = -2.5, label = series), position = position_dodge(width = 0.6)) +
  geom_point(shape = 20, alpha = 0.2, position = position_jitterdodge(dodge.width = 0.6, jitter.width = 0.25))
#> Warning: `position_dodge()` requires non-overlapping x intervals
#> `position_dodge()` requires non-overlapping x intervals

Answer 2

这与 Stefan 的方法类似，但计算是在 ggplot 中即时完成的：

library(ggplot2)

n <- 60
data <- data.frame(series=rep(LETTERS[1:3], n/3), 
                   sex=rep(c("F","M"),each=30), 
                   setting=rep(c("wild","rural"),n/2),
                   fit=rnorm(n))

ggplot(data, aes(x = as.numeric(interaction(series, sex)) +
                   1.5 * ((as.numeric(interaction(series, sex)) - 1) %/% 3), 
                 y = fit, fill = series)) +
  geom_boxplot(width = 0.5, aes(color = sex), alpha = 0.5) + 
  geom_point(fun = median, stat = "summary", shape = 23, size = 2) +
  geom_text(aes(y = -2.5, label = series)) +
  geom_point(shape = 20, alpha = 0.2, position = position_jitter(0.25)) +
  geom_line(stat = "summary", fun = median, aes(group = sex)) +
  facet_grid(~setting) +
  scale_x_continuous(NULL, breaks = c(2, 6.5), labels = c("F", "M"),
                     limits = c(0, 8.5)) +
  ggnetwork::theme_blank() +
  theme(axis.text.x.bottom = element_text(), strip.background = element_blank())

^{创建于 2022-12-14，使用reprex v2.0.2}