如何在 883276440288 R Barplot 中设置离散 Colors

Question

我正在尝试使用 R 中的 Plotly 在 Shiny 应用程序中复制条形图（见下图）。 x 轴具有组织值，而 x 轴上的每个条根据组织细节拆分/堆叠。 当我尝试复制上图时，对于某些组织值，我无法使用预定义的 plotly 色标（参见下面的“大脑”和“心脏”）来离散区分组织细节，这些条基本上具有相同颜色的变化家庭，使他们难以解释。

是否有可能以某种方式生成一个 colors 的图形，就像我想在 plotly R 中复制的那样？ 动态地？ 由于组织的组织详细信息可能会根据 shiny select 输入选择而改变。

这是我的 plotly function：

plot_ly(data = tissue_dt, y=~counts, x=tissue, type='bar', name=~tissue_detail, color=~tissue_detail, colors = "Paired") %>% layout(barmode ="stack")

除此之外，我还尝试了“Set3”和所有其他 plotly 离散色阶，但没有成功。

用于所需 plot 和 shiny plot 的数据是相同的

Answer 1

请注意，原始 plot 为每个组织/细节使用了离散颜色。

如果 tissue_detail 的列表是固定的，最好的选择是使用手动调色板，例如：

my.pal = {
"Adipose-subcutaneous" = "#a10335", #Or whatever color you want
"Adipose-visceral" = "#43a332",
"AdrenalGland" = "green2",
# AND the remaining categories. The labels should match those in tissue_detail
 
}

只需在您的 plot 中使用该调色板

plot_ly(data = tissue_dt, y=~counts, x=tissue, type='bar', name=~tissue_detail, color=~tissue_detail, colors = my.pal) %>% layout(barmode ="stack")

如果您在其他图中部分使用这些数据，这还有一个额外的优势。 因此，您可以保留对每个 tissue_detail 的 colors 的分配，即使这些图中的任何一个都缺少一些类别。

Answer 2

有这么多（子）类别，定义一个有意义的离散调色板将相当困难。 但是，借助plotly's hover 功能并在条形图周围添加一条（白）线，您应该会得到一个相当不错的图表：

library(dplyr)
library(tibble)
library(plotly)
library(RColorBrewer)

tissues <- tibble(tissue = LETTERS)


set.seed(18012023)
tissue_dt <- tissues %>%
  slice(rep(sample(26, 8), sample(14, 8, TRUE))) %>% 
  mutate(tissue_detail = paste(tissue, sample(letters, n(), TRUE))) %>% 
  right_join(tissues, "tissue") %>% 
  mutate(tissue_detail = coalesce(tissue_detail, tissue),
         counts = rpois(n(), 200)) %>% 
  arrange(tissue)

plot_ly(data = tissue_dt, y = ~counts, x = ~ tissue, 
        type = "bar",
        name = ~tissue_detail, 
        marker = list(line = list(color = "white",
                                  width = 1.5)),
        color = ~tissue_detail, 
        colors = ~ tissue_detail %>% 
          as.factor() %>% 
          nlevels() %>% 
          colorRampPalette(brewer.pal(9, "Set1"))(.)) %>% 
  layout(barmode ="stack")