在 gt_summary 中使用 add_difference 时仅显示差异列 function

Question

像这样使用 add_difference function 创建表时

  trial %>%
  select(trt, age, marker, response, death) %>%
  tbl_summary(
    by = trt,
    missing = "no"
  ) %>%
  add_difference()

您将获得一个包含差异列以及 p_value 和 CI 列的表。

我想删除这些列，因为我想为连续变量的非参数测试添加 p_values，据我从本文档中理解，使用 add_difference 无法完成。

如果我使用 modify_column_hide(columns = c(p.value, ci)) 而不是 add_p 我会得到一个错误：

trial %>%
  select(trt, age, marker, response, death) %>% tbl_summary(
    by = trt,
    missing = "no" ) %>%
  add_difference() %>% 
  modify_column_hide(columns = c(p.value, ci)) %>% 
  add_p()

#Error: `add_p()` cannot be run after `add_difference()` or `add_p()` when a #'p.value' column is already present.

这样做的正确方法是什么？

Answer 1

这是我会怎么做...

library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.7.0'

trial %>%
  select(trt, age, marker, response, death) %>% tbl_summary(
    by = trt,
    missing = "no" ) %>%
  add_difference() %>% 
  modify_column_hide(columns = c(p.value, ci)) %>% # hide the CI and p-value
  modify_table_body(~.x %>% select(-p.value)) %>% # remove the p-value from the table 
  modify_footnote(estimate = NA) %>% # remove difference footnote
  add_p() %>% # add new p-values
  as_kable() # convert to kable so it will display on stackoverflow

特征	药物 A , N = 98	药物 B , N = 102	区别	p值
年龄	46 (37, 59)	48 (39, 56)	-0.44	0.7
标记水平 (ng/mL)	0.84 (0.24, 1.57)	0.52 (0.19, 1.20)	0.20	0.085
肿瘤反应	28 (29%)	33 (34%)	-4.2%	0.5
病人死亡	52 (53%)	60 (59%)	-5.8%	0.4

^{创建于 2023-01-26，使用reprex v2.0.2}