图形数据库和RDF三重存储：在python中存储图形数据

Question

我需要在python中开发一个图形数据库（我很乐意，如果有人可以加入我的开发。我已经有了一些代码，但我很乐意讨论它）。

我在互联网上做了我的研究。 在Java中， neo4j是候选者，但我无法找到任何有关实际磁盘存储的信息。 在python中，有许多图形数据模型 （参见此PEP前提议，但它们都不能满足我从磁盘存储和检索的需要。

不过，我确实知道三重商店。 三重存储基本上是RDF数据库，因此图形数据模型可以在RDF中映射并存储，但我通常对这个解决方案感到不安（主要是由于缺乏经验）。 一个例子是芝麻 。 事实是，在任何情况下，你必须在内存中的图形表示转换为RDF表示，反之亦然，除非客户端代码想要直接破解RDF文档，这几乎是不可能的。 这就像直接处理DB元组，而不是创建一个对象。

什么是国家的最先进的用于存储和在python图形数据的检索（ 一拉 DBMS），此刻？ 是否有意义开始开发实现，希望在有兴趣的人的帮助下，以及与Graph API PEP的提议者合作？ 请注意，这将是我未来几个月工作的一部分，所以我对这个最终项目的贡献非常严重;）

编辑 ：发现也是directededge ，但它似乎是一个商业产品

Answer 1

我使用过Jena （一个Java框架）和Allegrograph （Lisp，Java，Python绑定）。 耶拿有姊妹项目用于存储图表数据，并且已经存在了很长时间。 Allegrograph相当不错并且有免费版本，我想我会建议这个因为它易于安装，免费，快速，你可以立即上手。 学习一点RDF和SPARQL所获得的功能可能非常值得您花时间。 如果您已经了解SQL，那么您将有一个良好的开端。 能够使用SPARQL查询图形将为您带来一些巨大的好处。 序列化为RDF三元组很容易，一些文件格式非常容易（例如NT）。 我举个例子。 假设您有以下图节点边缘节点ID：

 1 <- 2 -> 3 3 <- 4 -> 5 

这些已经是主题谓词对象形式，所以只需在它上面写一些URI表示法，将其加载到三重存储中并随意通过SPARQL查询。 这是NT格式：

 <http://mycompany.com#1> <http://mycompany.com#2> <http://mycompany.com#3> . <http://mycompany.com#3> <http://mycompany.com#4> <http://mycompany.com#5> . 

现在从节点1查询所有节点两跳：

 SELECT ?node WHERE { <http://mycompany.com#1> ?p1 ?o1 . ?o1 ?p2 ?node . } 

这当然会产生< http：//mycompany.com#5 >。

另一个候选人是Mulgara ，用纯Java编写。 既然你似乎对Python更感兴趣，我认为你应该首先看一下Allegrograph。

Answer 2

我认为解决方案实际上取决于您在将数据存储在磁盘/数据库中后想要对图表做什么，这在您的问题中有点不清楚。 但是，您可能希望考虑的一些事项是：

• 如果您只想在不使用rdbms解决方案（例如ACID）的任何功能或属性的情况下保留图形，那么如何将对象腌制成平面文件呢？ 非常简陋，但就像我说的，取决于你想要实现的目标。
• ZODB是Python的对象数据库（我认为是从Zope项目中脱离出来的）。 我不能说我在高性能环境中有很多经验，但是一些限制确实允许你本地存储Python对象。
• 如果你想追求RDF，有一个RDF Alchemy项目可能有助于减轻你从图形转换为RDF结构的一些担忧，我认为芝麻作为它的堆栈的一部分。

python网站上有一些其他的持久性工具可能很有意思，但是去年我花了很长时间研究这个领域，最终我发现没有符合我要求的原生Python解决方案。

我最成功的是使用MySQL和自定义ORM，我在这个问题的答案中发布了几个相关链接。 此外，如果您想为RDBMS项目做贡献，当我与Open Query中有人讨论MySQL的Graph存储引擎时，他们似乎对积极参与他们的项目感兴趣。

对不起我无法给出更明确的答案，但我认为没有...如果你开始开发自己的实现，我有兴趣了解你的最新情况。

Answer 3

来自您的Serius Cyber​​netics智能代理的问候！

一些有用的链接......

• 编程语义Web

• 语义编程

• 用于RDF的RDFLib Python库

Answer 4

嗯，也许你应该看看CubicWeb

Answer 5

关于Neo4j，您是否注意到现有的Python绑定 ？ 至于磁盘存储，请查看邮件列表中的此线程 。

对于Python中的graphdbs，最近由Maurice Ling在SourceForge上启动了Hypergraph数据库管理系统项目。

Answer 6

RDFLib是一个可以使用的python库。 使用harschware的例子：

创建一个test.nt文件，如下所示：

<http://mycompany.com#1> <http://mycompany.com#2> <http://mycompany.com#3> .
<http://mycompany.com#3> <http://mycompany.com#4> <http://mycompany.com#5> .

要在RDFLib中从节点1查询所有节点两跳：

    from rdflib import Graph

    g = Graph()
    g.parse("test.nt", format="nt")

    qres = g.query(
        """SELECT ?node
        WHERE {
            <http://mycompany.com#1> ?p1 ?o1 .
            ?o1 ?p2 ?node .
        }"""
    )

    for row in qres:
        print(node)

应该回答<http://mycompany.com#5> 。

Answer 7

Redland（http://librdf.org）可能是您正在寻找的解决方案。 它也有Python绑定。