Rscript ggplot-ggsave问题

Question

我正在使用以下代码绘制图形并将其打印为PDF：

ggplot(agg_data_cl, aes( as.Date(date), avg_entries, color = classification ) ) +
  geom_point()

ggsave(file = "output.pdf")

当我在TextMate中执行脚本时，这可以正常工作。

但是，当我通过RScript从命令行调用它时，出现以下错误：

Error in all.vars(as.formula(.$facets)) : 
  could not find function "as.formula"
Calls: print ... <Anonymous> -> <Anonymous> -> <Anonymous> -> all.vars
Execution halted

我在RScrpipt文件中使用以下标头：

#! /usr/local/bin/Rscript --vanilla --default-packages=utils

任何想法可能是什么问题？

这是我的命令行会话信息：

R version 2.13.1 (2011-07-08)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)

locale:
[1] C/UTF-8/C/C/C/C

attached base packages:
[1] grid  utils base 

other attached packages:
[1] ggplot2_0.8.9 proto_0.3-9.2 reshape_0.8.4 plyr_1.5.2   

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grDevices_2.13.1 graphics_2.13.1  stats_2.13.1

在textmate中，sessionInfo（）给了我更多附加的基本包：

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base

我不知道为什么会这样。

Answer 1

问题是调用Rscript时的--vanilla选项。

这是Rscript --help关于其选项的说明

--save              Do save workspace at the end of the session
--no-environ        Don't read the site and user environment files
--no-site-file      Don't read the site-wide Rprofile
--no-init-file      Don't read the user R profile
--restore           Do restore previously saved objects at startup
--vanilla           Combine --no-save, --no-restore, --no-site-file
                    --no-init-file and --no-environ

..和--vanilla基本上意味着Rscript应该在开始执行R命令之前忘记所有内容，包括一些已安装的软件包。

Answer 2

两件事情：

1）确保您具有库（ggplot2）_in_your_script_

2）确保对ggplot对象进行print（）或plot（）。 （请参阅FAQ 7.22）在这种情况下，这可能不是问题，因为您可以节省gg，但这是Rscript会话中的点阵或ggplot图形的常见问题。

Answer 3

as.formula在stats软件包中。 不知道为什么不加载它，但是看看在脚本开始处手动包括library(stats)是否可以解决此问题。