R使用s3和s4方法在同一个包中进行模拟

Question

我对错误感到困惑

found an S4 version of 'simulate' so it has not been imported correctly 

我编写了一个R包，其中包含一个simulate（）方法的定义作为S3方法。 因为模拟通用已经定义，我简单地定义一个simulate.myclass（ simulate.fitContinuous在我的情况）。

该软件包还依赖于具有S4版本模拟的另一个软件包。 加载我的包时，我得到上面的S4版本错误。 我不确定是什么导致错误。

从github抓取包的可重现的例子，或者做

require(devtools) 
install_github("pmc", "cboettig")
require(pmc)

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要从头开始重现此错误：使用最少的DESCRIPTION文件创建一个新包。 包括DESCRIPTION进口：ouch。 创建一个NAMESPACE并添加导入（ouch）和S3method（模拟，测试）。 创建R目录，添加一个简单的R脚本（我已经包含了生成我刚刚提到的NAMESPACE的roxygen文档，但是这个错误也可以在没有devtools / roxygen的情况下创建）：

#' simulate
#' 
#' a test for s3/s4 conflicts
#' @param object who cares?
#' @param nsim guess.
#' @param seed yup
#' @param ... other parameters we will just ignore
#' @return something
#' @method simulate test
#' @S3method simulate test
#' @import ouch
simulate.test <- function(object, nsim = 1, seed = NULL, ...){
  message("This test worked")
}

安装软件包（如果你愿意，首先使用devtools文件），你会收到错误。

到目前为止，我最好的解决方案是从NAMESPACE中删除S3方法行，并导出完整的函数simulate.test。 这将通过检查和安装而不会发出警告，但显然是一个较差的解决方案。

一个不同的解决方案是使用依赖和导入，并正确记录S3方法（如上所述）。 然后一切都按预期工作，但警告信息仍然存在。

Answer 1

simulate是stats定义的S3泛型，因此根据“编写R扩展”的1.6.2节（示例不清楚 - base定义的泛型有例外），您的NAMESPACE文件应具有

importFrom(stats, simulate)
S3method(simulate, fitContinuous)

关于“找到S4方法”的业务似乎反映了何时发现问题 - 尝试将S4方法添加到不可见的S3通用（“它”，我猜是指通用simulate ）。