Biopython错误-系统找不到指定的文件

Question

我遇到了无法解决的错误。

我正在尝试执行最简单的命令集，这些命令将执行tBLASTn算法，在数据库（也指定为文件-> Cucumber.fasta）中查找序列（指定为“ pytanie.fasta”文件的序列）。 结果将保存在“ wynik.txt”文件中。

代码如下：

from Bio.Blast. Applications import NcbitblastnCommandline
database = r"\Biopython\cucumber.fasta"
qr = r"\Biopython\pytanie.fasta"
output = r"\Biopython\wynik.txt"
e = raw_input("Enter e-value: ")
tblastn_cline = NcbitblastnCommandline(cmd='blastn', db=database, query=qr, out=output, evalue=e, outfmt=7)

print tblastn_cline

stdout, stderr = tblastn_cline()

我得到的错误是：

 File "C:\Users\IBM_ADMIN\Desktop\PYTHON\Workspace\Biopython\blast.py", line 20, in <module>
stdout, stderr = tblastn_cline()
File "C:\Python27\lib\site-packages\Bio\Application\__init__.py", line 435, in __call__
shell=(sys.platform!="win32"))
File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 679, in __init__
errread, errwrite)
File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 893, in _execute_child
startupinfo)
WindowsError: [Error 2] The system cannot find the file specified

我在用：

• Eclipse SDK版本：3.7.1
• Python 2.7版
• 操作系统：64 bit Windows 7

我也曾在32位Windows XP上尝试过此操作，它会产生相同的错误。 Biopython软件包应通过了biopython网站建议的测试，因此应该可以正常工作。 我还尝试了文件所在路径的其他格式，但是没有用。 我的朋友在Ubuntu上使用相同的代码，效果很好。

有人知道如何解决此错误吗？

Answer 1

文件的路径是什么？

例如，路径r"\\Biopython\\cucumber.fasta"是当前驱动器上的绝对路径（因为它以反斜杠开头且没有驱动器号），在您的情况下，我认为它是r"C:\\Biopython\\cucumber.fasta" 。 那是对的吗？