有关生物弦的错误信息

Question

我正在使用代码，在某个时候我有类似的东西

anna <- DNAStringSet()
for (chr in c(paste('chr',seq(1,22),sep=''),'chrX','chrY')){
.
.
.
anna.view<-DNAStringSet(Views(unmasked(Hsapiens[[chr]])
.
anna<-append(anna,anna.view)
}
gc()
}
anna

library(rGADEM)
gadem <- GADEM(anna, genome = Hsapiens)

Warning message:
Using XStringViews() on a character vector is deprecated.
Please use instead something like:
  as(DNAStringSet(x)), "Views")
if you really want views, otherwise just:
  DNAStringSet(x)

该消息是什么意思？ 我是否需要更改代码中的任何内容，还是可以安全继续？

Answer 1

关于不推荐使用 XStringViews警告警告您可以使用此功能，尽管不建议使用此功能，因为存在更好的替代方法（警告中建议使用替代方法）。 但是，您仍然可以使用该功能。

我认为生成警告的代码来自包中的函数。 但是，如果没有可复制的示例，这很难说。 如果警告是从软件包中产生的，请升级到最新版本以查看是否可以解决问题（尽管该软件包看起来好像不是在积极维护）。 或者，您可以邮寄软件包维护者并告知此问题。

最重要的是，您仍然可以在研究中使用该软件包，警告仅涉及纯软件技术问题。 但是没有保证，该代码将在R或Bioconductor的新版本中运行，因为不赞成使用的代码有时会被删除。