将 BED 文件转换为 WIG 文件

Question

您知道有什么方法可以轻松地（通过 R 或其他程序）将 BED 文件转换为 WIG？

你能给我一些指导吗？

Answer 1

查看rtracklayer包，特别是以下手册页：

 ?import
 ?export

Answer 2

这是我如何将.bed转换为.wig的具体示例。 正如@Paolo 暗示的那样，这是一个直接的过程：

library(rtracklayer) #bioconductor

bed_loaded <- import(con="~/Downloads/my_bed.bed.gz", format="bed") #no need to unzip .gz
# bed_loaded <- import.bed(con="~/Downloads/my_bed.bed") #if you unzip 

export.wig(object=bed_loaded, con="~/Downloads/bed2wig.wig")

请注意，您的import和export都有方法（wig、bed、bigwig 或 bw 等）。 您可以直接使用它们而不指定方法但指定format参数。

这个GitHub 教程会很有帮助。