如何连接R与MySQL或如何安装RMySQL包？

Question

我是R的新手，我正在尝试将R连接到MySQL。 我已经为64位安装了mysql-5.5.22-winx64和R-2.12.0 。 我已经设置了MYSQL_HOME environment path(C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.5)并尝试按照以下步骤操作：

1. 从这里安装最新的RTools
2. 安装MySQL或mysql的头文件和库文件
3. 创建或编辑文件C:\\Program Files\\R\\R-2.12.1\\etc\\Renviron.site并添加如MYSQL_HOME=C:/mysql （mysql文件的路径）
4. 将libmysql.lib从mysql/lib复制到mysql/lib/opt以满足依赖关系。
5. 将libmysql.dll复制到C:\\Program Files\\R\\R-2.12.1\\bin或windows/system32 directory 。

6. 运行install.packages('RMySQL',type='source')并等待编译结束。 但我仍然得到这个错误： -

    *> install.packages('RMySQL',type='source') --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- trying URL 'http://ftp.iitm.ac.in/cran/src/contrib/RMySQL_0.9-3.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 165363 bytes (161 Kb) opened URL downloaded 161 Kb * installing *source* package 'RMySQL' ... ERROR: configuration failed for package 'RMySQL' * removing 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/library/RMySQL' * restoring previous 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/library/RMySQL' The downloaded packages are in 'C:\\Users\\sharad\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpdQHwCb\\downloaded_packages' Warning message: In install.packages("RMySQL", type = "source") : installation of package 'RMySQL' had non-zero exit status* 

请建议我如何解决这个问题？

最后我得到了解决方案： - 您可以在我的博客上详细查看解决方案。

我在使用RMySQL包安装R的最后2天工作，最后得到了解决方案，这里是安装RMySQL包的步骤： -

1. 从以下链接下载软件：

     * a. R2.13.2: Download R from http://cran.stat.sfu.ca/index.html b. RTools 214: Download RTools from http://cran.cict.fr c. RMySQL 0.8-0.tar.gz: Download RMySQL from http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/main/RMySQL/RMySQL_0.8-0.tar.gz d. MySQL Server 5.0: download it from http://dev.mysql.com e. RSTUDIO (optional): download it from http://rstudio.org* 

2. 设置以下环境变量

     * a. MYSQL_HOME : <drive>/path to MySQL installation folder eg MYSQL_HOME= C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.5\\ b. R_HOME: <drive>/path to R installation eg R_HOME=C:\\Program Files\\R\\R-2.13.2\\ c. PATH: Modify path to accommodate the above variables. * 

   确保Windows PATH变量包含以下路径： \\ Rtools \\ 2.14 \\ bin \\ Rtools \\ 2.14 \\ MinGW \\ bin \\ Rtools \\ 2.14 \\ MinGW64 \\ bin

3. 创建文件夹和复制文件

     * a. OPT: Create a folder OPT under C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.5\\lib and copy MYSQLLIB.LIB the above path. Also copy libmysql.dll to <drive>\\<path>\\R\\R-2.14.0\\bin\\(64 bit) Or <Drive>\\<path>\\R\\R-2.14.0\\bin\\i386\\ (32 bit) and to C:\\Windows\\System32. b. Renviron.site: create or edit a file <DRIVE>\\<path>\\R\\R-2.14.0\\etc\\Renviron.site and add a line: MYSQL_HOME =”C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.5/” NB: USE FORWARD SLASH AND DOUBLE QUOTES HERE c. libMySQL.dll: Copy this file to C:\\Program Files\\R\\R-2.13.2\\bin\\i386 as well as C:\\Program Files\\R\\R-2.13.2\\bin* 

   1. 运行命令

      一个。 Install.Packages：通过单击桌面上的R图标或从“开始”菜单运行R GUI。 输入INSTALL.PACKAGES（“RMySQL”，type =“Sources”）。 这将从存储库下载所需的软件。

      湾 命令提示符：复制下载的zip文件（在步骤4.a.中）并将其粘贴到R安装文件夹下。 转到“开始”菜单并打开“命令提示符”。 转到R安装文件夹，然后键入R CMD INSTALL RMySQL_0.8-0.tar.gz

      *命令：

      library（RMySQL）drv = dbDriver（“MySQL”）con = dbConnect（drv，host =“localhost”，dbname =“test”，user =“root”，pass =“root”）album = dbGetQuery（con，statement = “select * from t_master”）专辑*

Answer 1

您现在可以跳过所有复杂的步骤，只需执行install.packages("RMySQL")

Answer 2

我周末在Mac OSX上遇到了一个黑客马拉松 - 尽管有一些参考资料（最后提到），我花了4个小时将所有东西拼凑在一起。 我没有找到一个简单的步行，所以我决定发布一个，虽然它在我心中是新鲜的。

我不确定与Windows的兼容性，但希望这些说明也会使您更容易。

我试图让R和MySQL在本地环境中进行通信（可能需要对服务器环境进行更改）。 我使用XAMPP（虽然我没有使用RMySQL进行连接），但最后我能够使用PHP页面编写R文件，执行该文件，并将R写入MySQL表。 据我所知，这仅适用于MacOSX ...

使用的所有软件都是dmg格式，因此不需要二进制安装。

1. 下载R并运行一些基本命令以确保它有效。

2. 在R中，您需要安装RODBC（如果您还没有）。 在R控制台中键入此项。

install.packages("RODBC")

这会安装RODBC，但自从OS Mavericks以来，某些文件不再包含在内，因此您会收到错误消息

找不到ODBC头sql.h和sqlext.h

并且您需要在正确的位置获取sql.h和sqlext.h文件。

要以最简单的方式执行此操作，请确保已安装自制软件 （简单说明）。 然后在终端中使用此代码进行安装。

完成后，再次进入R控制台

install.packages("RODBC")

3. 在MySQL中搜索适当的ODBC安装 。 我正在运行Mac OSX 10.6，所以我下载了dmg并安装了它。 这照顾好自己。

4. 现在是棘手的部分。 显然，Mac OX在最近的操作系统发布后取出了ODBC管理器，因此您需要下载ODBC管理器（ http://www.odbcmanager.net/ ）。 它也是一个dmg文件，所以只需拖放到您的实用程序文件夹即可。

我在5.3.6 dmg安装时遇到了困难（保持失败），所以我安装了5.2.7。

5. 打开ODBC管理器。 您需要配置DSN，因此请单击“系统DSN”选项卡，然后单击“添加”。

6. 你会看到一个弹出窗口，要求你选择一个驱动程序。 我有基于MySQL ODBC安装的“MySQL ODBC 5.2 Driver”。 单击“确定”。 如果没有看到驱动程序，则需要确认已安装MySQL ODBC。

7. 在下一个弹出窗口中，根据需要创建数据源名称（DSN） - 但请记住，这是您从R调用时需要使用的名称。在下面的关键字区域中（关键字将在引号中，值将为在括号中），ADD

   “database”（包含数据库名称的值）

   “server”（对于本地环境不使用localhost - 而是使用本地IP地址127.0.0.1。***这是我的关键部分）

   “uid”（数据库用户ID）

   “pwd”（数据库密码）

   “socket”（不确定这是否是必需的，但经过多次教程之后，它留在我的配置中并且工作正常，所以也许你需要它。你可以在my.cnf找到你的套接字位置 - 做一个聚光灯搜索。套接字文件位置在CLIENT下）

   这是我的配置：

   DSN（“测试” - 这是在顶部）

   数据库（“电视”）

   socket（“/Applications/XAMPP/xamppfiles/var/mysql.sock”）

   uid（“root”）

   pwd（“”）

   服务器（“127.0.0.1”）

8. 在R中，执行下面 - 我相信每次启动R并在进行MySQL查询之前，都需要完成最后3个步骤。

   库（RODBC）

9. 确保您已从XAMPP控制面板打开MySQL和Apache。

10. 然后执行

    odbcConnect（“test”） - 注意我在双引号中使用DSN的方式。 必要时互换。

这应该让你开始运行。 您可以阅读有关在R中进行MySQL查询的其他教程。

我从Stack Overflow（感谢所有人！），随机的其他网站/电子邮件交换历史以及Joseph Adler撰写的“R In A Nutshell”一书中的很多帖子中共同攻击了这一点，但如果我错过了某些内容，请告诉我，或者是不清楚。

祝好运！

Answer 3

我还花了几个小时试图在Windows 10中完成这项工作，从而获得错误。 我发现RMySQL的修复程序既凌乱又复杂，但RODBC更加轻松，优雅地导致了解决方案。 我有R，RStudio，MySQL服务器，MySQL Workbench，并且需要以下额外步骤才能使其工作：

1. 在RStudio install.packages(RODBC)安装软件包
2. 在此处下载并安装MySQL ODBC连接器
3. 配置MySQL ODBC连接器。 这是一些说明。 只需在Windows 10的开始屏幕上搜索“ODBC”，它就会弹出该窗口。 获取正确的连接参数并使用测试按钮确保它正常工作。 它连接后会在下拉菜单中显示您的数据库列表。 在“数据源名称”中给它一个名称，它将进入R脚本，比如'mysql_odbc'

现在您可以连接，运行查询并断开连接：

library(RODBC)
cursor <- odbcConnect("mysql_odbc", uid="root", pwd="HaysPuffyWalton5")
out <- sqlQuery(cursor, "SELECT * FROM emp WHERE deptno = 10");
close(cursor);

Answer 4

这不是一个直接的答案，但你仍然可以发现它有用：

1. 使用更新的R版本（目前为2.15）

2. 在Windows平台上，我宁愿使用RODBC + Windows MySQL驱动程序，除非您处于具有异构平台（即Linux和Windows）的环境中，其中代码在团队成员之间大量共享。 甚至然后在相同的脚本中选择使用RMySQL和RODBC，具体取决于它运行的平台是一个简单的if() {...} else {...}

请注意，我并不是说没有成功案例与你想要做的事情有关，但恕我直言，你将会更快地完成上述工作。

Answer 5

这对我有用：使用Windows XP SP3 32位操作系统，R Studio，Rv2.15.3

按照以下说明操作： http ： //biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/RMySQL

但是，如果您已下载MySQL版本5.6，则必须复制libmysql.lib ，例如在此路径中： D:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.6\\lib并创建一个新文件夹，如： D:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.6\\lib\\opt并将上面的libmysql.lib粘贴到opt文件夹中。 然后Renviron.site文件将具有： MYSQL_HOME=D:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6 。 请注意正斜杠。

最后按照上面链接中提供的install.packages行的说明进行操作。 我不得不做一些试验才能最终得到它。

Answer 6

如果这个错误在R

library(RMySQL)
#-----------
Loading required package: DBI

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'RMySQL', details

  call: i$Location

  error: $ operator is invalid for atomic vectors

Error: package or namespace load failed for 'RMySQL'

然后从外面R

set MYSQL_HOME=F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6

并返回内部：

library(RMySQL)

#Loading required package: DBI
#MYSQL_HOME defined as F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6

或者只是来自内部R.

Sys.setenv(MYSQL_HOME = "F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6")
library(RMySQL)

#Loading required package: DBI
#MYSQL_HOME defined as F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6

Answer 7

按照这里的指南：

http://www.ahschulz.de/2013/07/23/installing-rmysql-under-windows/

我跟着它，它就像一个魅力。 :)