在r中指定颜色和标签轴的散点图

Question

我有以下数据和图表：

pos <- rep(1:2000, 20)
xv =c(rep(1:20, each = 2000))
# colrs <- unique(xv)
colrs <- xv # edits 
yv =rnorm(2000*20, 0.5, 0.1)

xv   = lapply(unique(xv), function(x) pos[xv==x])
to.add = cumsum(sapply(xv, max) + 1000)

bp <- c(xv[[1]], unlist(lapply(2:length(xv), function(x) xv[[x]] + to.add[x-1])))
plot (bp,yv, pch = "*", col = colrs)

我在这个图中没有几个问题，无法弄清楚。

（1）我想对不同的组使用不同的颜色，或者对不同的组使用两种不同的颜色（即xv），但是当我尝试用颜色函数来达到漂亮的混合效果时。 尽管我需要突出显示一些点（例如，用蓝色将bp 4000到4500突出显示）

（2）我不想在bp位置放置一个勾号，并在组中添加标签。

谢谢，感谢您的帮助。

编辑：在以下答案的帮助下（如果我在每个组中有不平衡的数字，则略有不同的方法将起作用），我可以获得相似的图。 但是仍然有关于颜色的疑问，如果我要在替代组中使用两种替代颜色该怎么办？

Answer 1

您可以通过重复颜色索引来解决颜色问题，但是每组多次绘制一个点，如下所示：

plot (bp,yv, pch = "*", col = rep(colrs,each=2000))

默认调色板（请参阅?palette或palette() ）将环绕其自身，您可能需要指定自己的palette()以获取20种不同的颜色。

要重新标记x轴，请尝试在不使用x轴的情况下进行绘制，然后手动指定点和标签。

plot (bp,yv, pch = "*", col = rep(colrs,each=2000),xaxt="n")
axis(1,at=seq(1000,58000,3000),labels=1:20)

如果要在其中挤压很多标签，则可能必须缩小文本（ cex.axis ）或将标签旋转90度（ las=2 ）。

plot (bp,yv, pch = "*", col = rep(colrs,each=2000),xaxt="n")
axis(1,at=seq(1000,58000,3000),labels=1:20,cex.axis=0.7,las=2)

结果：

Answer 2

一种方法是您可以使用嵌套的ifelse 。
我仍在学习R ，但是可以完成的一种方法是：

plot(whatev$x, whatev$y, col=ifelse(xv<2000,red,ifelse(2000<xv & xv<4000,yellow,blue)))  

您可以根据需要嵌套任意数量的颜色和间隔。 ifelse命令的形式为ifelse(TEST, True, False) 。

一种更简单的方法是使用xv中的唯一组分配彩虹色。

colrs=rainbow(length(unique(xv)))  #Or colrs=rainbow(length(xv)) if xv is unique.
plot(whatev$x, whatev$y, col=colrs)

我希望我没事。 我自己还在学习R。

Answer 3

我要冒昧地猜测一下，您的真实数据就像来自20个不同组的2000值一样。 例如，20种不同物种的2000种植物的高度。 在这种情况下，您可能想要查看lattice包中的dotplot()函数（或如下图所示的dotplot.table() ）。

生成假设值矩阵：

set.seed(1)

myY <- sapply( seq_len(20), function(x) rnorm(2000, x^(1/3)))

转置矩阵以将组作为行

myY <- t(myY)

提供矩阵的组名：

dimnames(myY)[[1]]<-paste("group", seq_len(nrow(myY)))

负载lattice包装

library(lattice)

生成点图

dotplot(myY, horizontal = FALSE, panel = function(x, y, horizontal, ...) {
  panel.dotplot(x = x, y = y, horizontal = horizontal, jitter.x = TRUE,
    col = seq_len(20)[x], pch = "*", cex = 1.5)
  }, scales = list(x = list(rot = 90))
)

看起来像（带有不幸的y轴标签）：

Answer 4

看到@JohnCLK正在请求一种通过x轴上的值进行着色的方法，我尝试了ggplot2这些演示-每个ggplot2都使用一个虚拟变量，该虚拟变量根据要在其他变量中突出显示的值或范围进行编码。

因此，首先要设置数据，如下所示：

pos <- rep(1:2000, 20)
xv <- c(rep(1:20, each = 2000))
yv <- (2000*20, 0.5, 0.1)
xv <- lapply(unique(xv), function(x) pos[xv==x])
to.add <- cumsum(sapply(xv, max) + 1000)
bp <- c(xv[[1]], unlist(lapply(2:length(xv), function(x) xv[[x]] + to.add[x-1])))

然后加载ggplot2 ，准备几个实用程序功能，并设置默认主题：

library("ggplot2")

make.png <- function(p, fName) {
    png(fName, width=640, height=480, units="px")
    print(p)
    dev.off()
}

make.plot <- function(df) {
    p <- ggplot(df, 
                aes(x = bp,
                    y = yv, 
                    colour = highlight))
    p <- p + geom_point()
    p <- p + opts(legend.position = "none")
    return(p)
}

theme_set( theme_bw() )

绘制一个图表，在垂直轴上突出显示定义范围内的值：

# highlight a horizontal band
df <- data.frame(cbind(bp, yv))
df$highlight <- 0
df$highlight[ df$yv >= 0.4 & df$yv < 0.45 ] <- 1
p <- make.plot(df)
print(p)
make.png(p, "demo_horizontal.png")

接下来绘制一个图表，突出显示x轴（垂直带）上定义范围内的值：

# highlight a vertical band
df$highlight <- 0
df$highlight[ df$bp >= 38000 & df$bp < 42000 ] <- 1
p <- make.plot(df)
print(p)
make.png(p, "demo_vertical.png")

最后绘制一个以x值突出显示交替垂直带的图：

# highlight alternating bands
library("gtools")
alt.band.width <- 2000
df$highlight <- as.integer(df$bp / alt.band.width)
df$highlight <- ifelse(odd(df$highlight), 1, 0)
p <- make.plot(df)
print(p)
make.png(p, "demo_alternating.png")

希望这可以帮助; 无论如何，这是个好习惯。