使用PYTHON进行替换的字符串匹配

Question

我有一个字符串，我需要将该字符串与一个序列匹配，并确定在该序列中找到匹配序列的次数，但是它具有以下条件序列只能包含ACGT有效字符，因此seq可以是ACGTGTCTG

字符串可以是ACGnkG，其中n可以用A或G代替k可以用C或T代替

我们如何通过将n和k替换为有效值来查找字符串是否与序列匹配

有正则表达式吗？

Answer 1

re.findall(pattern, string)将返回一个列表，其中包含string pattern所有匹配项。 len(...)将返回列表中的项目数。

Answer 2

如果要计算模式的出现次数：

count_regex = sum(1 for _ in re.finditer(r'ACG[AG][CT]G', s))

如果要计算首先匹配模式的固定字符串的出现次数：

m = re.search(r'ACG[AG][CT]G', s)
count_fixed = s.count(m.group(0), m.start(0)) if m else 0