通过元组迭代以计算列表中的值

Question

我有一本有多个基因的字典。 元组（zip（））给出每个位点的核苷酸。 例如（A，A，A），（T，T，G），等等。我正在尝试计算每个位点的核苷酸数量。 这样，站点1显示3个A，站点2显示2个T和1G。当我运行我的代码时，它只是添加到A上，没有其他内容。

List = tuple(zip(*myDict.values()))

A = 0
T = 0
G = 0
C = 0

site = 0

for value in List:
    site +=1
    if 'A':
        A += 1
    elif 'T':
        T += 1
    elif 'G':
        G += 1
    else:
        C =+ 1

print 'Site:', site
print 'A:', A
print 'T:', T
print 'G:', G
print 'C:', C

Answer 1

您可以（再次），最好使用collections.Counter() ：

[Counter(site) for site in zip(*myDict.values())]

这将创建每个位点的基因计数列表。

示范：

>>> from collections import Counter
>>> myDict = {'abc':'AGCTAC', 'def': 'AGGTAC', 'ghi':'AGGTAG'}
>>> result = [Counter(site) for site in zip(*myDict.values())]
>>> result
[Counter({'A': 3}), Counter({'G': 3}), Counter({'G': 2, 'C': 1}), Counter({'T': 3}), Counter({'A': 3}), Counter({'C': 2, 'G': 1})]
>>> result[0]  # genes at site 0
Counter({'A': 3})
>>> result[2]  # genes at site 2
Counter({'G': 2, 'C': 1})

Answer 2

使用Counter() ：

>>> from collections import Counter
>>> lis=[('A', 'A', 'A'), ('T', 'T', 'G')]
>>> Counter(y for x in lis for y in x)
Counter({'A': 3, 'T': 2, 'G': 1})

也可以按照@Steven Rumbalski的建议，使用itertools.chain()代替生成器表达式：

>>> from itertools import chain
>>> Counter(chain(*lis))
Counter({'A': 3, 'T': 2, 'G': 1}) 

有关各个站点的单独柜台，请参阅Martijn Pieters的回答

Answer 3

企业

for value in List:
    site +=1
    if value == 'A':
        A += 1
    elif value == 'T':
        T += 1
    elif value == 'G':
        G += 1
    else:
        C +=1

但是有更好的方法。 查看其他答案。

此外，您不称自己的清单为List ; 大写名称保留给类。 list也不是很好，因为它隐藏了内置的list() 。

Answer 4

A = List.count("A")
B = List.count("C")
...

btw列表是一个可怕的变量名