如何在使用roxygen2时指定加载S4方法的顺序

Question

我已多次遇到以下问题。

假设您有两个类， classA和classB在以下文件中描述classA.R ：

#' the class classA
#'
#' This is a class A blabla
#' \section{Slots}{\describe{\item{\code{A}}{a Character}}}
#' @ name classA
#' @rdname classA
#' @exportClass classA
setClass("classA",representation(A="character"))

和classB.R

#' the class classB
#'
#' This is a class B blabla
#' \section{Slots}{\describe{\item{\code{B}}{an object of class A}}}
#' @ name classB
#' @rdname classB
#' @exportClass classB
setClass("classB",representation(B="classA"))

我相信这些文件是由roxygen2按字母顺序roxygen2 ，但事实并非如此。 如果我尝试构建包，我可能会收到以下错误：

roxygenize("./myExample")
Error in getClass(Class, where = topenv(parent.frame())) :
   "ClassA" is not a defined class

我怎样才能确保roxygenize()知道读取文件的顺序，即哪个类定义应该在另一个之前读取？

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注意：我知道我回答了自己的问题。 那是因为我经常遇到这个问题，并在查看roxygen2的代码后意识到了这样做的正确方法。 所以作为参考，这是我的发现。

Answer 1

有两种方法可以实现这一目标：

如?collate_roclet ，您可以使用@include标记指定在此之前应该读取的类。 在这种情况下，您可以在实际R代码之前的以下行添加到文件classB.r ：

#' @include classA.r

这些标记专门用于更新DESCRIPTION文件中的Collate字段，是处理问题的推荐方法。

在某些情况下，依赖关系可能非常复杂，您希望自己保持概述，而不是完全依赖于在代码库中添加@include标记。 在这种情况下，您只需在DESCRIPTION文件的末尾指定Collate字段，如下所示：

Package: myExample
Type: Package
...
Collate:
    'classA.R'
    'classB.R'

函数roxygenize()首先检查DESCRIPTION文件，然后按照指定的顺序加载首先指定的文件。 只有这样才能加载包的其余部分。