阅读R中的有向图

Question

我无法阅读/创建有向图。 我按照我在这里找到的步骤进行操作。

这是我的文本文件graph.txt ：

现在我读了这个graph.txt ：

library("igraph")
xlist<-read.graph("graph.txt", format="edgelist")

然后我绘制它：

plot(xlist)

但这不是我读入xlist的图表：

如您所见，1-> 2,1-> 3,5-> 10之间没有边缘，依此类推。 如何正确阅读有向图？

完成此操作后，如何显示两个节点之间的所有最短路径？

Answer 1

这对我来说似乎很好：

 xlist<-read.table("graph.txt")
 xlist <- graph.data.frame(xlist)
 plot(xlist)

注意R更改节点并将它们从零向上编入索引（不是在最近的igraph更新中，如下面的@Sacha Epskamp评论）。 使用：

plot(xlist, vertex.label= V(xlist)$name)

你会看到你想要的名字。 即1到2之间的边缘。

绘制最短路径的一种方法是使用get.all.shortest.paths ，然后使用它来对图形进行子集化并将其绘制成get.all.shortest.paths 。 有关类似示例，请参阅我对此问题的回答，其中我绘制了生成树。

Answer 2

出错的原因是边列表文件（即格式"edgelist" ）将顶点从零开始编号。 这在所有igraph版本中都是相同的，即使最近的R igraph包从一个顶点编号。

原因是我们希望R igraph与Python igraph和C igraph一致，就文件格式而言。 即由igraph和Python igraph以相同的方式解释由Python绘制的文件（在本例中为边缘列表文件）。 从零开始的编号是文件格式的属性。

如果你已经有一个边缘列表文件，它开始用一个顶点编号，那不是edgelist边缘列表文件格式，你需要转换它，只需从每个顶点id中减去一个。

解决方法是使用scan()或read.table()读取文件（ scan()要快得多，如果你有大文件可能很重要），然后直接调用graph() 。 在这种情况下，您不需要减去一个，因为在R igraph中，顶点ID从一个编号。