ggplot：兩組均值的線圖

Question

我已經在堆棧中搜索並搜索了我的問題的答案； 這一個接近我的問題，但我沒有成功修改代碼來修復我的圖表。

我有數據，以長格式重塑，看起來像這樣：

ID          Var1      GenePosition   ContinuousOutcomeVar
1           control      X20068492 0.092813611
2           control      X20068492 0.001746708
3           case         X20068492 0.069251157
4           case         X20068492 0.003639304

每個ID每個位置都有一個ContinuousOutcomeVar值，共有 86 個位置和 10 個 ID。 我想繪制一個折線圖，位置在 x 軸上，連續結果變量在 y 軸上。 我想要兩組：病例組和對照組，所以每個位置應該有兩個點：一個是病例的平均值，一個是對照的平均值。 然后我想要一條連接案例的線，以及一條連接控件的線。 我知道這很容易，但我是 R 的新手 - 我已經研究了 8 個小時，但我不能完全正確。 以下是我所擁有的； 我真的很感激一些見解。 如果這存在於堆棧中的某個地方，我真的很抱歉……老實說，我翻遍了所有代碼並嘗試修改了很多代碼，但仍然沒有做對。

我的代碼：此代碼在每個位置繪制所有 ID 的所有值，並將它們連接到兩組。 它在每個位置的所有 10 個值的平均值處給我一個黑點（我認為）：

lineplot <- ggplot(data=seq.long, aes(x=Position, y=PMethyl, 
    group=CACO, colour=CACO)) +
    stat_summary (fun.y=mean, geom="point", aes(group=1), color="black") +      
    geom_line() + geom_point()

我無法讓 R 不繪制所有 10 個點； 每個位置只有兩種方法（每個病例/對照組一個），病例和對照的值各由一條跨 x 軸的線連接。

Answer 1

首先，調整您的原始樣本數據以包含多個唯一的GenePosition 。

dput(seq.long)
structure(list(ID = 1:8, Var1 = structure(c(2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 
2L, 1L, 1L), .Label = c("case", "control"), class = "factor"), 
    GenePosition = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L
    ), .Label = c("X20068492", "X20068493"), class = "factor"), 
    ContinuousOutcomeVar = c(0.092813611, 0.001746708, 0.069251157, 
    0.003639304, 0.112813611, 0.002746708, 0.089251157, 0.004639304
    )), .Names = c("ID", "Var1", "GenePosition", "ContinuousOutcomeVar"
), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))

如果您只想為每個GenePosition和Var1組合表示一個值，那么在繪圖之前計算平均值會更容易。 這可以通過庫plyr函數ddply()來plyr 。

library(plyr)    
seq.long.sum<-ddply(seq.long,.(Var1,GenePosition),
       summarize, value = mean(ContinuousOutcomeVar))
seq.long.sum
     Var1 GenePosition      value
1    case    X20068492 0.03644523
2    case    X20068493 0.04694523
3 control    X20068492 0.04728016
4 control    X20068493 0.05778016

現在有了這個新的數據框，你只需要給出x和y值。 在colour=和group=應該使用Var1 ，以確保每個組具有不同的顏色並且線是連接的。

ggplot(seq.long.sum,aes(x=GenePosition,y=value,colour=Var1,group=Var1))+
   geom_point()+geom_line()