R包編譯依賴於data.table

Question

我正在嘗試使用J of data.table創建一個帶有函數的R包。 當我運行R CMD check ，我有一個注意：'J'沒有可見的全局函數定義，盡管我在DESCRIPTION文件中添加了data.table作為依賴項。

套餐：rfPred
類型：包裝
標題：將rfPred功能預測分數分配給錯義變體列表
版本：1.0
日期：2013-03-14
作者：我
維護者：我
取決於：data.table
[..]

我試圖在我想要創建的包中使用data.table包的另一個函數，但是我和J.沒有相同的問題。

你有解決方案嗎？

Answer 1

作為獨立函數的J()已從data.table刪除。 它只適用於DT[...]內部，它仍然可以使用。 但是對於依賴於data.table和正確使用J() ，和你的一樣，需要額外的步驟來避免NOTE（見下文）。

首先是背景和為什么刪除J() 。 來自新聞的摘錄：

J（）別名現在在DT [...]之外被棄用，但仍然可以在DT [...]內部工作，如DT [J（...）]。 J（）與包XLConnect（＃1747）和rJava（＃2045）中的函數J（）沖突。 對於data.table更改更容易，也有一些效率優勢。 當在DT [...]之外使用時，下一版本的data.table將從J（）發出警告。 之后的版本將刪除它。 只有這樣才能解決與rJava和XLConnect的沖突。 請在DT [...]之外直接使用data.table（）而不是J（）。

J（）現在發出一個警告（當在 DT [...]之外使用時），不推薦在DT [...]之外使用它。 見v1.8.2中的以下項目。 在DT [...]之外直接使用data.table（）而不是J（）。 或者，自己定義別名。 J（）將繼續在 DT [...] 內部工作。

J（）別名現在在 DT [...] 之外刪除，但仍然可以在DT [...]內部工作; 即，DT [J（...）]沒問題。 正如在v1.8.2中所述（在此文件中見下文）並在v1.8.4中棄用了warning（）。 這解決了與包XLConnect（＃1747）和rJava（＃2045）中的函數J（）的沖突。 請在DT [...]之外直接使用data.table（）而不是J（）。

現在為R CMD check制作的NOTE R CMD check您的包裝

你的包使用DT[...]內的J()並且工作正常。 唯一的問題是來自R CMD檢查的注意：

no visible global function definition for 'J'

以下是所有已知選項：

忽略NOTE。 （我不喜歡這個，但只是作為一種選擇）。 只需要處理警告和錯誤。
按list替換J 它是等價的。
在包中的某處定義J=NULL 。 （我們查看了data.table導出J=NULL所以你不必但決定不這樣做，因為任何data.table用戶在提示符下輸入J會看到NULL ，這可能會令人困惑。）
或者使用?utils::globalVariables作為Ben Bolker在評論中提出的建議。

關於此特定注釋的進一步背景是在此相關問題中：

全局變量沒有可見的綁定在R CMD檢查中注意