獲取HDF5數據集的尺寸

Question

我在我的C ++程序中使用了一些HDF5文件，我對H5Dopen函數有疑問。 是否可以在給定文件中獲取hdf5數據集的維度？

hid_t file, dset;
herr_t status;
file = H5Fopen (filenameField, H5F_ACC_RDONLY, H5P_DEFAULT);
dset = H5Dopen (file, "/xField", H5P_DEFAULT);

在我做下一行之前，我想得到dset的尺寸。

status = H5Dread (dset, H5T_NATIVE_DOUBLE, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT,  &readBuf[0]);

我只找到了H5Dget_storage_size ，但這不適合我的情況。

有誰知道怎么做？

Answer 1

為此，您需要使用以H5 S為前綴的數據空間函數。

HDF5參考手冊使用這些前綴進行組織，因此有助於理解這一點。

如何獲取數據集的維度

首先，您需要使用H5Dget_space從數據集中獲取數據空間：

hid_t dspace = H5Dget_space(dset);

如果您的數據空間很簡單 （即非空或標量 ），那么您可以使用H5Sget_simple_extent_ndims獲取維H5Sget_simple_extent_ndims ：

const int ndims = H5Sget_simple_extent_ndims(dspace);

以及使用H5Sget_simple_extent_dims的每個維度的大小：

hsize_t dims[ndims];
H5Sget_simple_extent_dims(dspace, dims, NULL);

尺寸現在存儲在dims 。

Answer 2

或者，這可以這樣做（如果是簡單的數據空間，請參閱Simons答案，如果需要，請查看bool H5::DataSpace::isSimple() const ）：

  #include "H5Cpp.h"
  using namespace H5;
  //[...]
  DataSpace dataspace(RANK, dims);
  //[...]
  /*
   * Get the number of dimensions in the dataspace.
   */
  const int rank = dataspace.getSimpleExtentNdims();

在大多數情況下，這條線可能是多余的，因為整個任務可以分為兩行：

  /*
   * Get the dimension size of each dimension in the dataspace and
   * store the dimentionality in ndims.
   */
  hsize_t dims_out[rank];
  const int ndims = dataspace.getSimpleExtentDims( dims_out, NULL);

函數getSimpleExtentNdims()可以作為H5::DataSpace實例的成員調用。

這些代碼段來自最近的HDF5 C ++參考手冊的示例頁面 （readdata.cpp）。

用h5c++編譯所有東西，它應該工作。