在Python中使用grep導出多個輸出文件

Question

我正在python中創建一個必須使用grep的代碼，並且在通過grep運行它時遇到了問題。 我從“ Infile”開始，然后對該文件進行剪切和排序以創建“ Infile.ids”。 “ Infile.ids”包含在“ Infile”中的唯一ID。 然后，我必須逐行通過“ Infile”從“ Infile.ids”中運行ID，並將所有具有ID的行提取到新的單獨文件中。 問題是當我在grep中運行它時，它會一次運行所有行，並且基本上給了我一堆與原始“ Infile”相同的文件，而不是單獨的唯一文件。

這些是示例“ Infile”和我嘗試獲取的輸出文件。

Infile              Infile.ids    Infile.Hello     Infile.World      Infile.Adios
Hello 1 3 5 7       Hello         Hello 1 3 5 7    World 2 4 6 8     Adios 1 2 3 4
World 2 4 6 8       World         Hello a b c d    World e f g h     Adios i j k l
Adios 1 2 3 4       Adios
Hello a b c d
World e f g h
Adios i j k l

這是我到目前為止的代碼：

#!/usr/bin/python

import sys
import os

Infile = sys.argv[1]

os.system("cut -d \" \" -f1 %s | sort -u > %s.ids" % (Infile, Infile))
Infile2 = "%s.ids" % Infile

handle = open("%s.ids" % Infile, "r")
line = handle.readline()

for line in handle:
    os.system("grep \"%s\" %s > %s.%s" % (line, Infile, Infile, line))
    line = handle.readline()

handle.close()

Answer 1

當您遍歷handle ，每line都會有一個換行符，顯然Infile的行沒有換行符（它們首先具有“ 1 3 5 7”的內容）。 這就是為什么您的grep失敗的原因。

嘗試做

for line in handle.readlines():
    line = line.strip()
    os.system("grep \"%s\" %s > %s.%s" % (line, Infile, Infile, line))

並刪除這兩個line = handle.readline()語句-如果您正在執行for循環，它將遍歷讀取行本身。 如果要使用顯式閱讀調用，則使用while循環會更合適（盡管我懷疑在這種情況下建議這樣做）。

干杯