將3D數組的每個元素連續寫入文件的最有效方法是什么？

Question

我有一個大型3D陣列，我想將其作為單列寫入文件。 數據需要先按Z（從高到低）變化，然后按x（從低到高）變化，然后按y（從低到高）變化。 目前，我正在這樣做：

arr <<- array(0,dim=c(x,y,z)) # values aren't really 0
dataf <- data.frame(Px=rep(0,x*y*z))
ticker <- 0
  for (j in 1:y){
    for (i in 1:x){
      for (k in z:1){
        ticker <- ticker +1
        dataf[ticker,1] <- arr[i,j,k]
        }
      }
    }
write.table(dataf,file=filename,row.names=F,col.names=F)

這個過程很慢，並且似乎隨着迭代的進行而變慢（用進度條看到）。 我敢肯定有一種使用adply的方法，但我無法使其正常工作。 我像這樣切換z數據的順序：

    for (n in 1:z)
      arr_inv[,,n] <- arr[,,(z-n+1)]

然后嘗試這樣寫：

write.table(adply(arr,.margins=c(1,2,3))[4],file=filename,row.names=F,col.names=F)

我似乎沒什么快的，所以我想知道您是否知道該如何處理？ 謝謝

Answer 1

一種（卷積）的方法是使用lapply將數組在第三個維度上拆分為列表元素，然后使用mapply重塑矩陣，最后將其轉換為輸出向量：

mat <- array( rep(1:9,each=3) , dim = c(3,3,3) )
mat
, , 1

     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    2    3
[2,]    1    2    3
[3,]    1    2    3

, , 2

     [,1] [,2] [,3]
[1,]    4    5    6
[2,]    4    5    6
[3,]    4    5    6

, , 3

     [,1] [,2] [,3]
[1,]    7    8    9
[2,]    7    8    9
[3,]    7    8    9


as.vector( t( mapply( c , lapply( 1:3 , function(x) as.vector( t(mat[,,x]) ) ) ) ) )
[1] 1 4 7 2 5 8 3 6 9 1 4 7 2 5 8 3 6 9 1 4 7 2 5 8 3 6 9

另外，下次請提供可復制的示例