R：從hclust繪制較小的簇

Question

我有250個對象，我使用h <- hclust(distance.matrix, method = "single")來獲取一個hclust對象。 如果我從h繪制樹形圖，它只是一團糟，因為有太多的對象，標簽只是被壓扁在一起。

假設我對特定的群集感興趣

現在，我知道我們可以通過指定所需的組數來使用cutree將樹（例如，由hclust產生的樹）切割成若干組。

但是，我如何分別獲得R中那些較小的簇群的樹形圖？

Answer 1

您可以將您的hclust對象轉換為dendrogram並使用cut （有關詳細信息，請參閱?cut.dendrogram ）：

hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plot(hc)

## cut at height == 100
d <- cut(as.dendrogram(hc), h=100)
## cut returns a list of sub-dendrograms
d
#$upper
#'dendrogram' with 2 branches and 2 members total, at height 152.314 
#
#$lower
#$lower[[1]]
#'dendrogram' with 2 branches and 16 members total, at height 77.60502 

#$lower[[2]]
#'dendrogram' with 2 branches and 34 members total, at height 89.23209 

par(mfrow=c(1, 2))
plot(d$lower[[1]])
plot(d$lower[[2]])
par(mfrow=c(1, 1))