igraph（R）如何創建僅具有強r值的相關網絡

Question

我試圖弄清楚如何使用graph.adjacency使用相關矩陣（值-1到1）創建圖形，但只有最強相關的邊緣包含在圖形文件中，即< - .8或>。 8

以下是成功為網絡提供完整數據集的代碼：

corrdata<-read.csv("spearmancorr.csv",header=FALSE)
cor_mat<-as.matrix(corrdata)
diag(cor_mat)<-0
graph<-graph.adjacency(cor_mat,weighted=TRUE,mode="lower")

我嘗試使用delete.edges將網絡減少到至少> .8來測試它，但生成的文件仍顯示低於0.8的邊緣權重

graph.copy <- delete.edges(graph, which(E(graph)$weight !<0.8)-1)
write.graph(graph.copy, file="gsig80.graphml", format="graphml")

關於如何獲取我想要的圖形文件的任何建議？

Answer 1

如果需要，可以從圖形中刪除邊緣，或者首先從矩陣中刪除它們。 例如

cor_mat[ cor_mat < .8 ] <- 0
diag(cor_mat) <- 0
graph <- graph.adjacency(cor_mat, weighted=TRUE, mode="lower")

以下是在創建它之后如何從圖中刪除它們：

graph <- delete.edges(graph, E(graph)[ weight < 0.8 ])