blastdbcmd - 位置參數 <1> 太多，有問題的值：%f

Question

我正在嘗試使用blastdbcmd - 當我在 cmd 上鍵入以下內容時

blastdbcmd -db databaseBLAST -entry_batch -outfmt "%f" -out test_query.txt

彈出以下錯誤：

Error: Too many positional arguments <1>, the offending value: %f

我輸入了%f以便它是 Fasta 格式，即使在互聯網上花了很多時間來弄清楚之后，我仍然不知道如何處理這個錯誤。 你能幫我一下嗎？

Answer 1

也許有點晚了，但我認為這可能是 UTF-8 與 ISO-latin 之間的又一案例：

我在使用blastn進行不同查詢時遇到了同樣的問題，但有問題的值為-db 。 我發現這是命令的“-”部分的編碼問題。 即，如果您是從 Mac 或 pdf 文件中復制粘貼命令，那么看起來像“%f”或“-”對我們來說可能不是。 嘗試鍵入所有命令而不是復制粘貼。

Answer 2

您的問題不在於-outfmt參數。 就是-entry_batch需要一個文件名。 此外，您不需要指定-outfmt '%f'因為 Fasta 格式是默認輸出。

這是您想要的命令行：

blastdbcmd.exe -db databaseBLAST -entry 'all' -out test_query.txt

保羅

Answer 3

純猜測：刪除引號，加倍%或更可能兩者。

根據文檔， %f是默認值。

Answer 4

就我而言，在復制粘貼命令的一部分后，很難發現“-”的相似之處。 確保減號是真正的減號！