使用“combn”為變量的所有組合創建數據幀列表

Question

使用下面的數據框並在R中工作，我想生成一個新數據幀列表，其中每個數據幀基於我的Taxon向量的4個不同值的唯一組合。 在下面的數據框中，我有10個不同的Taxon（許多有多個復制條目），我想一次選擇4個Taxon，對於4的所有組合。我相信這些10個Taxon中應該有210個不同的4個Taxon組合（無需更換時采樣，訂單並不重要）。 所以最終我想要一個包含210個數據幀的列表，每個數據幀包含4個Taxon的不同組合（每個Taxon的所有復制行）！

雖然選擇基於Taxon向量，但我希望新數據框包含其他信息列。 例如，如果選擇“Aphididae.sp.3”，我希望新數據框中還列出了-25.92（C），1.69（N），sap（func.group），草食動物（trophic.group）並肩作戰。

到目前為止，我使用“combn”函數使用“unique”命令生成4個taxon的所有組合，但是我無法獲得包含在其中的所有其他信息列，並且它不會為每個組提供所有復制條目類群！ 我會感激任何幫助！

我的代碼：

combos<-combn(unique(df$Taxon),4)

DF：

                  Taxon      C    N     func.group trophic.grp
1           Aphididae.sp.3 -25.92 1.69        sap   herbivore
2           Aphididae.sp.3 -25.91 1.78        sap   herbivore
3           Aphididae.sp.3 -26.05 1.74        sap   herbivore
4  Cicadellidae.mixed.juvs -28.94 1.19        sap   herbivore
5  Cicadellidae.mixed.juvs -29.25 2.24        sap   herbivore
6  Cicadellidae.mixed.juvs -28.17 1.88        sap   herbivore
7  Cicadellidae.mixed.juvs -28.29 1.94        sap   herbivore
8        Cicadellidae.sp.1 -27.69 2.25        sap   herbivore
9        Cicadellidae.sp.1 -27.67 2.41        sap   herbivore
10       Cicadellidae.sp.1 -26.65 3.26        sap   herbivore
11       Cicadellidae.sp.1 -28.30 3.20        sap   herbivore
12       Cicadellidae.sp.1 -28.08 1.88        sap   herbivore
13       Cicadellidae.sp.2 -26.59 2.89        sap   herbivore
14       Cicadellidae.sp.3 -26.82 5.16        sap   herbivore
15       Cicadellidae.sp.4 -26.54 3.46        sap   herbivore
16       Cicadellidae.sp.4 -26.55 4.05        sap   herbivore
17       Cicadellidae.sp.4 -27.20 3.14        sap   herbivore
18       Cicadellidae.sp.4 -26.48 3.80        sap   herbivore
19       Cicadellidae.sp.5 -27.54 4.17        sap   herbivore
20       Cicadellidae.sp.5 -27.18 3.43        sap   herbivore
21       Cicadellidae.sp.5 -27.46 4.03        sap   herbivore
22       Cicadellidae.sp.6 -26.71 1.09        sap   herbivore
23       Cicadellidae.sp.6 -26.33 1.56        sap   herbivore
24       Cicadellidae.sp.6 -25.59 0.59        sap   herbivore
25       Cicadellidae.sp.6 -25.07 0.84        sap   herbivore
26       Cicadellidae.sp.6 -26.56 0.97        sap   herbivore
27       Cicadellidae.sp.7 -25.84 1.08        sap   herbivore
28       Cicadellidae.sp.7 -24.96 1.36        sap   herbivore
29       Cicadellidae.sp.7 -26.15 1.90        sap   herbivore
30       Cicadellidae.sp.7 -26.58 2.63        sap   herbivore
31       Cicadellidae.sp.8 -28.02 2.28        sap   herbivore
32       Cicadellidae.sp.8 -27.90 2.01        sap   herbivore
33       Cicadellidae.sp.8 -27.70 1.92        sap   herbivore
34       Cicadellidae.sp.8 -26.85 1.04        sap   herbivore

Answer 1

combos應該是4 x 210矩陣的字符向量。 如果您使用以下代碼而不是原始代碼：

 combos<-combn(unique(as.character(df$Taxon)), 4)   # factors would be converted

您應該能夠將這些向量傳遞給子集化函數，並apply ：

combdf <- apply(combos, 2, function(vec) df[ df$Taxon %in% vec, ] )

在測試過程中，我發現原始矩陣搞砸了，因為我把Taxons留在了因素中，因此在unique之前需要as.character調用。 我沒有看到這個，直到嘗試apply因為我有210件物品，但大多數是空的。

Answer 2

lapply(ncol(combos), function(x) df[df$Taxon %in% combos[,x],])