Makefile with SHELL = / usr / bin / R：處理多行

Question

我正在玩R和Gnu Make （4.0，下面的代碼不適用於<= 3.81）我想使用R而不是經典的shell：

我寫了以下代碼：

.PHONY: all clean
SHELL = /usr/bin/R
.SHELLFLAGS=  --vanilla --no-readline --quiet -e
.ONESHELL:

UCSC=http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg17/database/

all: chr1_gold.txt.gz
    gold <- read.delim(gzfile("$<"))
    head(gold)

chr1_gold.txt.gz:
    download.file("${UCSC}/$@","$@")


clean:
    $(foreach F,chr1_gold.txt.gz,file.remove("$F");)

目標chr1_gold.txt.gz工作正常但不是目標“ all ”，因為有多行：

$ /make-4.0/make
download.file("http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg17/database//chr1_gold.txt.gz","chr1_gold.txt.gz")
> download.file("http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg17/database//chr1_gold.txt.gz","chr1_gold.txt.gz")
trying URL 'http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg17/database//chr1_gold.txt.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 45866 bytes (44 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 44 Kb

> 
> 
gold <- read.delim(gzfile("chr1_gold.txt.gz"))
head(gold)

ARGUMENT 'head(gold)' __ignored__

> gold <- read.delim(gzfile("chr1_gold.txt.gz"));\
Error: unexpected input in "\"
Execution halted
Makefile:9: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 1

我試圖添加一個反斜杠，一個半冒號，但這不起作用：我該如何解決這個問題？ 我可以告訴make將文件傳遞給SHELL而不是使用參數（-e string）嗎？

編輯 ：

同

all: chr1_gold.txt.gz
    gold <- read.delim(gzfile("$<")) \
    head(gold)

。

read.delim(gzfile("chr1_gold.txt.gz")) \
head(gold)

ARGUMENT 'head(gold)' __ignored__

> gold <- read.delim(gzfile("chr1_gold.txt.gz")) \
Error: unexpected input in "gold <- read.delim(gzfile("chr1_gold.txt.gz")) \"
Execution halted

與';'

all: chr1_gold.txt.gz
    gold <- read.delim(gzfile("$<")) ;
    head(gold)

。 gold < - read.delim（gzfile（“chr1_gold.txt.gz”））; 頭（金）ARGUMENT'頭（金）' 被忽略了

> gold <- read.delim(gzfile("chr1_gold.txt.gz")) ;
> 
> 

用'; \\'

all: chr1_gold.txt.gz
    gold <- read.delim(gzfile("$<")) ;\
    head(gold)

。

ARGUMENT 'head(gold)' __ignored__

> gold <- read.delim(gzfile("chr1_gold.txt.gz")) ;\
Error: unexpected input in "\"
Execution halted
Makefile:9: recipe for target 'all' failed

Answer 1

在我看來，這是R的-e選項的一個問題：看起來與shell的-e選項不同，R的版本只接受一個命令並忽略嵌入的換行符（如您所懷疑的）。 不幸的是，在GNU make中沒有選擇讓它自動寫一個臨時文件並將其發送到SHELL。 這里的物流有點令人生畏：你如何在shell命令中指定文件的名稱？ 或者如果你想通過stdin管道怎么辦？ 等等。可以肯定，但需要仔細考慮設計。

目前GNU make要求SHELL使用的解釋器必須能夠接受命令行上提供的多行腳本，就像它一樣。

使用R我能想到的最直接的方法是使用define / enddef將配方放入變量中以保留換行符，然后使用新的$(file ...)函數將其寫入文件並調用R與該文件的名稱。 您可以使用用戶定義的變量使其更加清晰，但您可能不得不回到使用/ bin / sh作為SHELL。

Answer 2

我認為，一個替代方法是使用“ 利特勒 ”

例如：

.PHONY: all
SHELL = /usr/bin/r
.SHELLFLAGS= -e
.ONESHELL:
.SILENT: all

all:
    x <- rnorm(10)
    cat(sd(x), "\n")