如何正確遍歷兩個文件，比較兩個文件中的字符串

Question

我正在嘗試比較兩個csv文件，並期望此輸出但無法成功。 這是我的示例和代碼：

File1.csv

meNOG00110,9606.ENSP00000349259,1,2364

meNOG06332,9606.ENSP00000344967,1,322

meNOG06773,9606.ENSP00000344961,1,379

meNOG03133,9606.ENSP00000387429,1,2089

meNOG17468,9606.ENSP00000217169,1,298

File2.csv

meNOG06332,9606.ENSP00000344967,1,322

meNOG00110,9606.ENSP00000349259,1,2364

meNOG00110,9606.ENSP00000357130,1,2419

meNOG00018,10090.ENSMUSP00000027367,1,261

meNOG00018,10090.ENSMUSP00000072852,1,276

output.txt

meNOG06332  9606.ENSP00000344967    1   322

meNOG00110  9606.ENSP00000349259    1   2364

meNOG00018  10090.ENSMUSP00000027367    1   261

meNOG00018  10090.ENSMUSP00000072852    1   276

碼：

file1 = open("File1.csv", "rU")
reader1 = csv.reader(file1,delimiter=',')

file2 = open("File2.csv", "rU")
reader2 = csv.reader(file2,delimiter=',')

for row2 in reader2:
    for row1 in reader1:
        if row2[1].startswith('9606'):
            if row2[1] == row1[1]:
                print row2              
        else:
            print row2

但是此代碼僅搜索第一行。

Answer 1

我不確定這正是您要尋找的東西，但是因為不清楚：

如果要查找兩個文件之間的重疊，並且要比較整行，則可以設置兩組（每個文件一組）並輸出交集：

with open('File1.csv', 'r') as infile1, 
     open('File2.csv', 'r') as infile2,
     open('File3.csv', 'w') as outfile:
    lines1 = set(infile1)
    lines2 = set(infile2)

    writer = csv.writer(outfile, delimiter=',')
    for line in (lines1 & lines2):
        writer.writerow(line)

Answer 2

我不確定您期望的結果格式是什么，但是為了比較兩個文件，您可以使用標准python模塊進行coulf：

http://docs.python.org/2/library/difflib.html

您可以分析輸出，並根據需要設置格式

Answer 3

您可以將兩個文件壓縮在一起：

with open(path_a, 'r') as a, open(path_b, 'r') as b:
    for line_a, line_b in zip(a, b):
        print line_a, line_b

如果第一個文件是：

a
s
d
f

第二個文件是：

q
w
e
r

輸出將是：

a q
s w
d e
f r