Ubuntu 12.04 R install.packages（）不起作用。 沒有警告，沒有安裝

Question

我正在運行一個ubuntu 12.04實例，並加載了R3.0.2，但無法獲得install.packages（）來安裝軟件包。 它下載文件，但似乎沒有安裝它們。 我在這里錯過了什么嗎？ 在運行ubuntu R實例之前，我從未遇到過這個問題。 順便說一句，我已嘗試以root用戶命令行sudo R實例化運行該進程，但仍然沒有警告，沒有安裝。 順便說一下，這個問題在我嘗試安裝的所有軟件包中都是一致的。

這是一個例子：

> install.packages("dataview")
Installing package into ‘/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependency ‘xtermStyle’

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/xtermStyle_2.2-4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 15265 bytes (14 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 14 Kb

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/dataview_1.4-8.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 10696 bytes (10 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 10 Kb


The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/Rtmp6FevA0/downloaded_packages’
> library(dataview)
Error in library(dataview) : there is no package called ‘dataview’ 

為了它的價值，我使用以下shell命令安裝了R.

#remove old versions
sudo apt-get remove r-base-core
#Adding deb to sources.list
sudo nano /etc/apt/sources.list    
deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu precise/

# Add key to sign CRAN packages
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
#Add specific PPA to the system
sudo add-apt-repository ppa:marutter/rdev
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
#installing
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev

預先感謝您的任何幫助。

Answer 1

最后（!!!）得到了這個想法。 安裝Apache2時，mongodb和R的install.packages（）命令之間存在沖突（通過指示燈，我還沒有確認其他安裝）。 為了解決剛剛運行

sudo service mongodb stop

在shell上，然后進入R並安裝包。 安裝所需的軟件包后，可以重新啟動mongo服務器。 希望這有助於某人。 重現'錯誤'（我知道，我知道 - 實際上並不是錯誤）使用以下配置在EC2上創建一個框（盡管我認為問題不是EC2獨有的）：

#install mongodb:
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv 7F0CEB10
echo 'deb http://downloads-distro.mongodb.org/repo/ubuntu-upstart dist 10gen' | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/10gen.list
sudo apt-get update
sudo apt-get install mongodb-10gen

#install lamp server:
sudo tasksel #get lamp and openssh 

#install R
sudo nano /etc/apt/sources.list   
deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu precise/
gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo R

里面R：

install.packages（“dataview”）＃或任何包

軟件包將下載，但不會像上面的原始帖子中提到的那樣安裝。

要解決此問題，只需停止shell上的mongo服務器即可

sudo service mongodb stop

回到R並安裝你的軟件包，然后返回shell並重新啟動服務器。 任何導致沖突的事件的照明（或者通常調試這種問題，而不是在整個過程中逐步重新執行命令）將不勝感激。 請注意，如果僅在沒有安裝Apache的情況下運行mongodb服務器，install.packages（）命令才能正常工作，但停止Apache服務器無法解決沖突。

作為參考，這是一個Ubuntu 12.04 64位實例，包含R 3.0.2，Mongodb-10gen和Apache2。

Answer 2

當我在Ubuntu 12.04上安裝R Server時，我忘了設置交換： https ： //www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-add-swap-on-ubuntu-12-04

當我根據上面的教程設置交換時，它允許我安裝R包。 這可能是您遇到的問題。

Answer 3

我可能從我過去的經驗中得到的建議很少，希望有所幫助：

我會把R作為超級用戶sudo su 。 然后會嘗試安裝包。 還要確保軟件包安裝在默認位置，從R嘗試加載軟件包，我相信/usr/local/lib/R/site-library 。

嘗試一下，看看它是否有效。 如果沒有，那么我還會嘗試另一種解決方法，通過將我在/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0安裝的軟件包復制到/usr/local/lib/R/site-library來欺騙R root，看看是否有幫助。

祝好運

Answer 4

這是我在下面的回答的注釋，但是太長而不適合注釋。 這個問題比我想象的要復雜一些。 看來如果加載了燈，你需要停止mysql以便在R中運行任何系統命令（因此install.packages（）不會解包，盡管不清楚為什么下載工作 - 文件在開源的歡樂下）。 一個相關的問題在這里 。 也就是說，你可以通過安裝R +燈來復制問題（我也在運行可能會發揮作用的RStudio Server，但我不是這樣做的）。 如果mysql服務正在運行，則在R啟動時彈出以下錯誤

Error in system(paste(which, shQuote(names[i])), intern = TRUE, ignore.stderr = TRUE) : 
cannot popen '/usr/bin/which 'pdflatex' 2>/dev/null', probable reason 'Cannot allocate memory'

（順便說一下，這不是內存不足的問題，因為服務器上有足夠的內存）。 我的建議是你需要運行一個燈服務器（和/或apache2上的其他服務）是從命令行安裝（不是tasksel，見下文），這樣（當然要確保采取安全預防措施（！））

sudo apt-get install apache2
sudo apt-get install mysql-server libapache2-mod-auth-mysql php5-mysql
sudo apt-get install php5 libapache2-mod-php5 php5-mcrypt

接着

sudo service mysql stop

如果你需要在R中運行系統命令。一旦安裝了一個tasksel燈包並且添加了一個用戶，無論我停止了哪些服務，我實際上都無法再將r會話安裝到install.packages（）。 同樣，如果您運行mongo或其他服務器，則還需要停止它們。

希望這能為人們帶來一些悲傷。 再說一遍，如果有人可以闡明這里的潛在問題是什么我會非常感激 - 我真的希望能夠在執行復雜的R命令時運行mysql服務。

再次使用R 3.0.2，apache2和ubuntu 12.04。 我也在ubuntu 13.10中復制了這個問題，看看是否有幫助（它沒有）。

Answer 5

好的，所以我遇到了同樣的問題......確保為VM分配了足夠的內存。 Vagrant的默認VM內存為512m ...將其增加到2048m並且所有內容都應該正常運行...

我在我的vagrant文​​件中使用它來增加內存：

  config.vm.provider "virtualbox" do |vb|
    # Use VBoxManage to customize the VM. For example to change memory:
    vb.customize ["modifyvm", :id, "--memory", "2048"]
  end

Answer 6

我在CentOS上遇到了這個問題，最終對我有用的是：

創建一些目錄，讓我們說/data/Rpackages ，然后讓R通過運行將tar.gz文件下載到它

install.packages("RMySQL", destdir="/data/Rpackages/")

然后手動安裝脫機包（請注意，如果上一個命令下載了其他依賴包，您還必須按順序安裝它們）：

install.packages(repos=NULL, pkgs="/data/Rpackages/DBI_0.2-7.tar.gz")
install.packages(repos=NULL, pkgs="/data/Rpackages/RMySQL_0.9-3.tar.gz")

Answer 7

在AWS中的Ubuntu Server 14.04 LTS上存在相同的問題... t1.micro實例具有600MB可用內存....所以在上面添加了額外的交換空間並且staretd工作正常。

在這里描述了在EC2實例上添加交換空間的解決方案，即： 如何將交換添加到EC2實例？