Python 包：Bioservices，使用 UniChem() 命令時出錯

Question

我正在關注網頁上的教程： http : //pythonhosted.org/bioservices/compound_tutorial.html

一切正常，直到我達到以下命令：

uni = UniChem()

然后我收到了錯誤消息：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "P:\Anaconda\lib\site-packages\bioservices\unichem.py", line 84, in __init__
    maxid_service = int(self.get_all_src_ids()[-1]['src_id'])
TypeError: list indices must be integers, not str

作為最低工作示例：

from bioservices import *
uni = UniChem()

然后我收到錯誤。 我理解錯誤（大部分），但我不知道如何修復它。 所以我的問題是如何修復該功能或解決它？

總體目標是將 1000 個葯物名稱（希望在不久的將來會更多）映射到 Chembl ID。

Answer 1

您看到的錯誤可能與以下事實有關：當您嘗試連接 UniChem 服務時，該服務已關閉以進行維護或初始化時間過長。 結果是該服務未啟動，因此您收到錯誤消息。

我剛試過（生物服務 1.2.6）

from bioservices import *
uni = UniChem()

它奏效了。 以下請求也有效：

>>> mapping = uni.get_mapping("kegg_ligand", "chembl")
'CHEMBL278315'