如何在linux shell命令中運行自定義的R函數？

Question

我想在具有Linux的遠程HPC上的名稱為“ run.plot.R”的R文件中運行一個自定義函數。

我輸入linux命令：

R CMD run.plot.R

但是似乎R尚未從文件中讀取功能代碼。 如何將功能文件加載到R中然后運行？

Answer 1

三個選項是：

Rscript run.plot.R

要么

R CMD BATCH run.plot.R

或使用littler應用程序，請訪問http://dirk.eddelbuettel.com/code/littler.html

所有這三個都以非交互模式運行。

如果要交互式運行，則可以

R --file run.plot.R

或只是通過R開始

R

然后一旦R運行

source("run.plot.R")

但是，以上所有假設都假設run.plot.R包含函數代碼，並且R調用運行那些R函數。

最后，在給定文件名的情況下，是否生成任何圖都可以取決於遠程Linux服務器上的運行方式，X是否通過您正在使用的連接轉發等等。

Answer 2

我經常用

R --vanilla -f <filename>

--vanilla標志用於確保多個用戶之間具有一致的R環境。 根據您的需要，您可能會或可能不想使用它。