如何在linux shell命令中运行自定义的R函数？

Question

我想在具有Linux的远程HPC上的名称为“ run.plot.R”的R文件中运行一个自定义函数。

我输入linux命令：

R CMD run.plot.R

但是似乎R尚未从文件中读取功能代码。 如何将功能文件加载到R中然后运行？

Answer 1

三个选项是：

Rscript run.plot.R

要么

R CMD BATCH run.plot.R

或使用littler应用程序，请访问http://dirk.eddelbuettel.com/code/littler.html

所有这三个都以非交互模式运行。

如果要交互式运行，则可以

R --file run.plot.R

或只是通过R开始

R

然后一旦R运行

source("run.plot.R")

但是，以上所有假设都假设run.plot.R包含函数代码，并且R调用运行那些R函数。

最后，在给定文件名的情况下，是否生成任何图都可以取决于远程Linux服务器上的运行方式，X是否通过您正在使用的连接转发等等。

Answer 2

我经常用

R --vanilla -f <filename>

--vanilla标志用于确保多个用户之间具有一致的R环境。 根据您的需要，您可能会或可能不想使用它。