在R中讀取.mdb文件時出現問題

Question

我正在嘗試閱讀R中的一系列Microsoft Access數據庫。我從使用mdb-tools的Hmisc包中找到了mdb.get函數。

這是我的一個特定.mdb文件的工作流程

system("wget http://www.dgis.salud.gob.mx/descargas/zip/BDSS_2004.zip")
unzip("BDSS_2004.zip")
mdb.get("SECTORIAL2004.mdb")
   Can't alloc filename
   Couldn't open database.
   named list()
   Warning message:
   running command 'mdb-tables -1 SECTORIAL2004.mdb' had status 1 

我試圖直接使用System（）傳遞突擊隊給mdb-tables命令，但我得到非常相似的結果。

system("mdb-tables SECTORIAL2004.mdb")   
   Can't alloc filename
   Couldn't open database.

主要問題是，當我直接在終端中執行此操作時，它對於相同文件也可以正常工作。 我想我可以使用shell腳本來做到這一點，但我寧願在R中完成它。任何幫助將不勝感激。

編輯

我忽略了說我在RStudio中運行此代碼，我嘗試僅在R Terminal中運行它，並且它起作用了，因此使我認為它與mdb-tools的文件路徑或類似的內容有關那。 話雖這么說，我仍然希望能夠在RStudio中做到這一點。 謝謝！

Answer 1

...我試圖重現您的錯誤，但對我來說一切正常。

從錯誤消息（“無法分配文件名”）和您所說的內容（“ 一系列 Microsoft Access數據庫”）來看，我敢打賭您正在達到R可以處理的內存限制。

這里有一些建議可以幫助您：

1. 您可能可以使用rm釋放一些無用的東西。 在加載文件之前，運行gc()觸發垃圾回收器，因此可以確保所有可用內存都可用。 這可能足以解決您的問題。

2. 如果還不夠的話：一次依次導入mdb文件，然后將它們以另一種格式（例如默認的.RData ）保存在硬盤中，並完全清除工作區。 稍后打開它們進行分析時，您可能仍需要擔心空間，但是至少不必進行mdb- > R轉換步驟。

3. 最后，您真的需要R來讀取該數據庫嗎？ 如果不是這樣，僅使用其他技術（python？）來讀取數據庫就可以節省很多麻煩。

最后，一個處理大量數據的通用建議：如果您還不了解data.tables ，則應該真正考慮學習如何使用它。